Зимой 1564 г. Иван Грозный поразил всю Москву: взяв с собой сыновей, уехал "неведомо куда". Через две недели митрополит Афанасий получил от него грамоты. В одной царь обвинил бояр и воевод в измене, а в другой говорил, что на простой люд гнева и опалы не имеет. Грамоты были присланы из Александровской слободы, куда и направилась делегация для переговоров с царем. Закончились они тем, что Иван Грозный добился для себя права "на изменников опалу свою класти, а иных казнить..." Значительную часть территории государства царь выделил в особую область -Опричнину, остальная часть страны получила название Земщина.
Став столицей Опричнины, Александровская слобода по существу превратилась в административный центр Русского государства. Создав свой "особый двор" и надежную охрану из "новых государевых слуг", Иван Грозный приступил к осуществлению новых задуманных реформ. В Москву он наезжал "на невеликое время", а "перебор людишек" вел из Александровской слободы. Иван IV прожил в слободе со своими опричниками семнадцать лет, за что она снискала мрачную славу "кровопийственного града".
"Опричная столица" видела немало иностранных послов - черкасских, шведских, английских, ливонских, австрийских, датских... Отсюда Иван IV совершил карательный поход на Тверь, Торжок, Клин, Новгород и Псков. В 1571 г. в Александровскую слободу свезли со всех концов Руси две тысячи невест. После смотрин царь сыграл свадьбу с Марфой Собакиной, которая вскоре умерла при невыясненных обстоятельствах. Здесь же, в Александровской слободе, 10 ноября 1581 г. царь в припадке гнева убил своего сына Ивана.
После смерти царевича Иван Грозный навсегда покинул Александровскую слободу.