Новое генетическое исследование коронавируса предполагает, что SARS-CoV-2 достиг Северной Калифорнии несколькими различными способами, и власти там не ответили достаточно быстро. Они также не использовали возможность отслеживать контакты, чтобы остановить дальнейшее распространение эпидемии ", сообщает Science.
В рамках исследования Чиу и его команда исследовали образцы вируса от 36 пациентов из девяти округов Калифорнии. Они секвенировали геномы вируса непосредственно из образцов, используя новый метод, названный MSSPE - метагеномное секвенирование с обогащением праймера.
Они смогли использовать секвенирование для идентификации штаммов, которые инфицировали каждого из 36 пациентов, и сравнения их с другими известными последовательностями штаммов коронавируса SARS-CoV-2.
- Мы обнаружили, что в Калифорнии было введено много разных вирусных линий. По крайней мере, в первые несколько недель после появления коронавируса в США он не распространялся свободно по всему штату, а был внедрен в отдельные инциденты, - сказал Чиу .
Доктор Чиу выразил надежду, что метод MSSPE будет адаптирован для выполнения быстрых последовательностей генома из образцов, взятых непосредственно у пациентов, когда они проходят первые тесты. Это поможет отследить распространение вируса и его происхождение.
Стандартное исследование штамма
Исследования показывают, что один из штаммов коронавируса, присутствующий у пациентов в США, также ответственен за вспышку круизного лайнера Diamond Princess. 700 пассажиров и экипаж круизного судна были заражены, и 9 из них погибли.
По словам доктора Чарльз Чиу, профессор лабораторной медицины в Университете Калифорнии в Сан-Франциско, который возглавлял исследование, скорее всего, ответственен за вспышку эпидемии на одном человеке, который нес вирус.
Вполне возможно, что это пассажир из США. На это может указывать генотип штамма вируса, широко распространенный у пациентов в штате Вашингтон, но также и за его пределами.
Чиу также сообщил о другой - быстро локализованной и ограниченной - вспышке эпидемии, которая остановилась только на трех случаях. Это пациентка из округа Солано, которая заразила коронавирус двумя медицинскими работниками, которые ухаживали за ней. Из-за быстрого реагирования передача вируса была остановлена, и дальнейших инфекций не произошло.
Упущенная возможность
«Это показывает, что в Северной Калифорнии появилось несколько различных искр, многие из которых погасли, вероятно, из-за сочетания профилактических мер для защиты общественного здоровья и счастья», - прокомментировал биолог-эволюционист Майкл Воробей, который не участвовал в анализе.
Воробей, заведующий кафедрой экологии и эволюционной биологии в Университете Аризоны, провел еще одно исследование появления коронавируса в Соединенных Штатах. Он также обнаружил, что быстрое и интенсивное отслеживание контактов могло остановить раннее распространение вируса.
По словам Чиу, открытия его команды показывают, сколько шансов остановить эпидемию было потеряно, хотя вирус неоднократно - и по-разному - появлялся в Калифорнии.
«У нас просто не было инфраструктуры, чтобы обнаружить это», - сказал он.
Полученные данные доказывают, что ограничения на передвижение могут работать, если они введены достаточно рано и строго соблюдаются. В свою очередь, социальная дистанция и ограничения на запрет собраний помогают ограничить передачу инфекции в обществе.