Самое раннее упоминание адыгейского слова Туапсе («междуречье», «местность, лежащая ниже слияния двух рек» ― река Туапсе, образована слиянием двух горных рек ― Чилипси и Пшенахо) встречается в VI―II веках до н.э. Уже тогда в этом месте существовало поселение предков современных адыгов.
В 1829 г. побережье отходит к России по Адрианопольскому мирному договору.
В 1838 г. в составе Черноморской укрепленной береговой линии было построено Вельяминовское укрепление, названное в честь генерала А.А. Вельяминова (1785―1838). Через год укрепление было разрушено шапсугами, но постепенно было восстановлено.
В 1853 г. в условиях Крымской войны русские вынуждены покинуть укрепление, предварительно разрушив его. Территория была оккупирована до конца войны войсками Османской империи, подошедшими по черноморскому побережью с юга.
В 1857 г. здесь была устроена турецкая база, снабжавшая адыгов оружием. В 1859 г. морской десант под командованием майора Левашева разрушает турецкую базу. В 1864 г. отряд генерала Геймана дошел до Туапсе и овладел развалинами форта Вельяминовского.
В 1864 г. завершилась Кавказская война и начался процесс насильного переселения мятежных адыгов в Османскую империю. Район Туапсе являлся одним из главных пунктов морской эвакуации черкесов.
В 1864 г. на месте развалин форта Вельяминовского была основана одноименная станица, в 1870 г. преобразованная в селение. Населенный пункт Вельяминовка был включен в состав города Туапсе в 1925 г. Опустевшее черноморское побережье сперва стали заселять семьями казаков, позже в регион начали переселяться русские и украинцы из центральных губерний Российской империи, а также армяне, греки, грузины.
В 1867 г. был построен маяк на мысе Кадош. В 1875 г. учреждено гражданское поселение — Вельяминовский посад.
В 1895 г. к поселению проложены шоссейные дороги «Новороссийск — Сухум» и «Майкоп — Туапсе». В 1896 г. - начало строительства сооружений морского порта.
В 1896 г. селение Вельяминовское переименовано в посад Туапсе — окружной центр Туапсинского округа Черноморской губернии.
В 1916 г. посад получил статус города Туапсе, проведена железная дорога «Армавир — Туапсе».
Во время гражданской войны (1917—1920) город несколько раз переходит из рук в руки, вследствие чего был сильно разрушен.
16 ноября 1917 г. в Туапсе, первым среди городов современного Краснодарского края, была провозглашена советская власть.
1923 г. — город избран районным центром Туапсинского района Черноморского округа Кубано-Черноморской области.
1928 г. — закончено сооружение нефтепровода Грозный - Туапсе, построены нефтеперерабатывающий завод и нефтяной пирс в морском порту.
1933 г. — порт Туапсе приобретает Всесоюзное значение.
1935 г. — Туапсе получил статус города краевого подчинения.
Октябрь 1941 г. — началось строительство Агойского аэродрома; создана Туапсинская военно-морская база под командованием контр-адмирала Г.В. Жукова.
В декабре 1941 г. на город был совершен первый вражеский налет, а массированные бомбардировки начались с 23 марта 1942 г. Особенно тяжкое положение для города сложилось летом 1942 г., когда пал Севастополь и Туапсинский порт стал главной военно-морской базой, питавшей всю Черноморскую группу войск. 23 августа 1942 г. был создан Туапсинский оборонительный район под командованием контр-адмирала Гавриила Васильевича Жукова. 25 сентября 1942 г. немцы перешли в новое наступление в районе села Шаумян и стремительно прорвались в глубь. 17 октября немцами был взят Шаумян, 21 октября село Гойтх. 23 октября Семашхская группировка врага была разгромлена, остатки ее были отброшены за реку Пшиш. Во время Великой Отечественной войны город был сильно разрушен. В 1943 г. он начал восстанавливаться. Ущерб, нанесенный Туапсе, в ценах 1943 г. составил более 22 миллионов. Полностью разрушено 309 домов, 719 нуждались в капитальном ремонте.
В конце 1943 г. введено 2840 м² жилья, восстановлены депо, электростанция, хлебозавод, мясокомбинат, фруктоварочный и рыбный заводы.
1947 г. — начал работать восстановленный машиностроительный завод.
1949 г. — возвратился из эвакуации нефтеперерабатывающий завод и дал первую продукцию.
1956 г. — входит в строй I очередь Дворца культуры моряков, восстановлен стадион «Водник», из Туапсе в Сочи пришел первый пробный электровоз.
1965 г. — на Пионерской Горке состоялась церемония перезахоронения останков неизвестных защитников города в годы Великой Отечественной войны.
К 1970 г. вошли в строй хлебозавод, пивзавод, винзавод, мясокомбинат, обувная фабрика. Реконструируются судоремонтный завод и морской порт. На южном молу строятся нефтеналивные причалы, станция очистки балластных вод, новый пассажирский причал, реконструируется нефтепирс и широкий мол.
1979 г. — открыто движение по железнодорожной ветке Туапсе - Краснодар.
1981 г. — Указом Президиума Верховного Совета СССР город Туапсе награжден орденом Отечественной войны первой степени.
1991 г. — начал работать туапсинский муниципальный театр юного зрителя.
1995 г. — Туапсе вступил в Ассоциацию малых городов Юга России.
1996 г. — на заседании Туапсинской городской Думы принят новый Устав города.
Указом Президента Российской Федерации от 5 мая 2008 г. Туапсе присвоено почетное звание «Город воинской славы».