История Бухарского эмирата в составе Российской империи практически не изучена ни советскими, ни современными историками независимого Узбекистана.
Причина этого в том, что эмират как в период империи, так и в период становления советской власти являлся своеобразным козырем во внешнеполитической игре. Это и явилось залогом его довольно длительного существования при обоих режимах. А как известно "козыри" принято прятать. В том числе и от историков.
Согласно договору от 23 июня 1868 года самаркандские и каттакурганские земли вместе с верховьем реки Зарафшан отходили к России; эмир обязался уплатить России контрибуцию в размере 500 тысяч рублей и отказался вести дипломатические сношения с другими странами, кроме России; русским подданным разрешалось иметь в эмирате караван-сарай, приобретать недвижимое имущество и вести беспрепятственную торговлю - Архив внешней политики Российской империи (АВПРИ), ф. 147, оп. 485, д. 298.
По сути это был кабальный договор, который возник не на пустом месте.
«В 1868 г. вследствие вызывающего образа действий эмира Музаффара, собравшего значительные войска, начавшие нападения на нашу линию, был сформирован особый отряд, который, наступая со стороны Ташкента, постепенно после кровопролитных боев взял бухарские крепости: Джизак, Самарканд и Каттакурган - Логофет Д.Н. В горах и на равнинах Бухары (очерки Средней Азии). – СПб., 1913.
Российские исследователи Средней Азии отмечали тот факт, что население Бухарского эмирата оказала очень слабое сопротивление российским войскам. Причиной этого они видели крайнюю закабаленность жителей.
«Боевые качества населения, безусловно, упали, и не в наших интересах вновь пробуждать старые инстинкты, обучая бухарцев ношению оружия» - писал генерал-губернатор Туркестанского края генерал-лейтенант А.В.Самсонов "Российский государственный военно-исторический архив (РГВИА), ф. 400, оп. 262/912-915"
Так ли это или не так, но бухарский эмир действительно зависел от российской армии, которая была его защитницей как от внешнего, так и внутреннего врага.
В то же время, бухарский правитель стоял в ранге российского истеблишмента выше чем Туркестанский генерал-губернатор. Он был полностью независим от него и подчинялся непосредственно российскому императору.
Напротив, бухарское государство стало более независимым, а его глава не только не подчинялся туркестанскому генерал-губернатору, но и стоял выше его по иерархии, благодаря пожалованному ему чину полного генерала, звания генерал-адъютанта и ордена Андрея Первозванного - монография С.Брежневой БУХАРСКИЙ ЭМИРАТ ПЕРИОДА ПРОТЕКТОРАТА РОССИИ В ТРУДАХ УЧЕНОГО-ВОСТОКОВЕДА Д. Н. ЛОГОФЕТА
Особенно это стало заметно в период правления последнего эмира Бухары Сеид Алим-хана, который принимал российского генерал-губернатора в своей резиденции. А не встречал его лично как было заведено раньше.
Подобная независимость не давала возможности русскому населению осесть в Бухаре, а российским купцам начать выгодную торговлю. Русские в Бухарском эмират считались иностранными гражданами и они не имели права приобретать землю, а российские товары облагались различными пошлинами.
Это положение дел конечно не нравилось российской администрации. Туркестанское генерал-губернаторство регулярно писало отношения в Санкт-Петербург на имя его императорского высочества о необходимости полного присоединения Бухары. Но император опасался того, что в дело могут вмешаться англичане, имевшие сильные агентурные позиции в Бухаре и инициировать бунт против российской власти в Средней Азии. Поэтому конкретных решений по присоединению Бухарского эмирата принято не было.
Только 14 июня 1914 года "бухарский" вопрос был поднят на заседании Государственной думы, но затем отложен до осени. А потом началась Первая мировая война и эта проблема была предана забвению.