В интервью актер с улыбкой признавался, что личная жизнь была бурной, но не любит вспоминать о первом браке. Жена Нина работала стюардессой в «Аэрофлоте», облетела полмира и поначалу не воспринимала Михаила как потенциального мужа. Девушку смущало, что ухажер на 20 лет старше. Поженились в 1986-м, в январе следующего года родилась дочь Алевтина. И тогда же в семье начались разногласия.
Кокшенов хотел назвать девочку Галиной в честь матери, но Нина не согласилась. Кроме того, супруга дала Але собственную фамилию Вокрош и отказалась переезжать к свекрови, чтобы та заботилась о внучке, когда сама вернулась к полетам. Наоборот, отвезла дочь к своим родителям. После этого Михаил и Нина развелись, и актер 10 лет не виделся с ребенком.
Практически сразу после бракоразводного процесса Михаил Михайлович женился на 19-летней студентке факультета гостиничного бизнеса Елене, которая позже станет директором кинофильмов, которые будет снимать Кокшенов. Несмотря на бoльшую разницу в возрасте, супруги имели теплые отношения, но Елена ревновала мужа к бывшей семье. По словам Алевтины, именно она ограничивала ее общение с отцом. Во втором браке у артиста детей не было.
Ситуация нормализовалась, когда знаменитый актер встретил третью жену, по иронии судьбы – опять в самолете: бизнесвумен, директор нефтяной компании ЗАО «Электон» Наталья Лепехина и Михаил Кокшенов купили билеты на соседние места. У Натальи от первого брака есть дочери Ольга и Татьяна. Женщина подружилась с Алевтиной и нашла общий язык с Ниной.