Основан 1 марта 1961 году под названием «Тралфлотовец». Дебют мурманчан в турнире класса «Б», где выступали команды Северо-Запада и центра РСФСР, не удался — лишь 11-е место из 13 участников. В 1965 году команду переименовали в «Север». Наивысшим достижением мурманских футболистов было второе место в зональных соревнованиях 1968 года. Тогда «Север» вышел в полуфинальную часть чемпионата СССР среди команд класса «Б» в зоне РСФСР. Полуфинальный турнир проходил в Пятигорске. Итог выступления заполярных футболистов — третье место. «Север» проиграл пятигорскому «Машуку» — 0:1, майкопской «Дружбе» — 0:5 и победил «Олимп» из подмосковного Фрязино — 3:0.
С 1971 года после того, как произошла реорганизация чемпионата страны, «Север» получил «прописку» во второй лиге, выступая с переменным успехом. В 1984 году решением ВЦСПС (именно Центральному совету профсоюзов было доверено проводить зональный турнир) три команды РСФСР, имеющие худшие результаты (а в зоне играли также клубы из Молдавии, Белоруссии, Литвы, Латвии и Эстонии) покидали вторую лигу и переходили в разряд любительских. Эта участь постигла горьковскую «Волгу», «Волжанин» из Кинешмы и мурманский «Север», который занял последнее место. Этот сезон стал последним для команды из Мурманска в чемпионате страны.
Вновь сформирован в 2006 году. Заявился в ЛФЛ. В сезоне 2006 года команда стала обладателем Кубка России среди ЛФК в зоне МРО «Северо-Запад». В 2007 году клуб занял 1-е место в первенстве МРО «Северо-Запад» любительского первенства России.
С 2008 года в течение пяти сезонов «Север» выступал в зоне «Запад» второго дивизиона (Первенство ПФЛ).
6 июня 2014 года у всех участников клуба закончились контракты[3]. Было объявлено о расформировании клуба[3]. Причиной стало недостаточное финансирование команды. Руководство Мурманской области готово выделить на содержание клуба лишь 22,5 миллиона рублей при необходимых для выступления на уровне второго дивизиона ПФЛ 35 млн рублей[3][4]. Попытки найти спонсоров успехом не увенчались.
10 апреля 2015 на сайте МРО «Северо-Запад» появилась информация, что ФК Север подтвердил своё участие в розыгрыше первенства региона в сезоне 2015[