Режиссёр Алексей Балабанов вспоминал, что история «Брата» родилась из его старого замысла соединить в одном фильме бандитов и музыкантов, поскольку он общался и с теми, и с другими. Музыка должна была сыграть одну из ведущих ролей в будущем фильме. Подыскивая подходящий саундтрек, Балабанов остановил свой выбор на группе «Наутилус Помпилиус», поскольку был дружен с вокалистом Вячеславом Бутусовым ещё со времён жизни в Свердловске. Также на съёмки были приглашены музыканты из «Аквариума», вокалистка Настя Полева и Сергей Чиграков.
По свидетельству жены Балабанова, работавшей на картине художницей по костюмам, сценарий «Брата» писался на даче. Некоторых актёров утвердили «заочно», включая Светлану Письмиченко, сыгравшую в «Замке», и Виктора Сухорукова, известного по роли в «Счастливых днях». По словам продюсера Сергея Сельянова, всё окончательно сложилось, когда в 1996 году Балабанов познакомился с Сергеем Бодровым-младшим на фестивале «Кинотавр», впечатлившись его игрой в фильме «Кавказский пленник».
В опубликованном сценарии существуют отличия от фильма, например:
1. Света и её муж Павел Евграфович увлекаются садо-мазо. Впоследствии Балабанов исключил эти сцены, но позже исследовал эту тему в своём следующем фильме — «Про уродов и людей».
2. Уголовная разборка и домашний концерт проходили в одной и той же квартире. Режиссёр Степан был не случайным заложником, а организатором квартирника. Целью был продюсер рок-музыкантов, по легенде, обложивший их данью за возможность выступать на телевидении. Поняв, что брат подставил его с этой разборкой и что бандиты хотят расстрелять не только продюсера, но и всех собравшихся в квартире музыкантов, Данила убивает сообщников прямо в соседней комнате.
3. Бандит Круглый не произносит поговорки.
4. Отсутствуют некоторые персонажи, например: девушка Кэт, кавказцы, не заплатившие за проезд в трамвае, и различные эпизодические персонажи.
5. Данила делает бронежилет из сшитых между собой компакт-дисков.