Сооружена в 1901—1904 гг. Использовалась как место заключения политических оппонентов власти во время царской России, Польской Республики (1922—1939), немецкой оккупации (1941—1944) и СССР (1940—1941). В последствии — Лукишкский следственный изолятор, закрыт 2 июля 2019 г.
В конце 19-го века существовавшая тогда в Вильнюсе старая губернская тюрьма в Лукишках перестала отвечать своему назначению. Произошли изменения и в законодательстве, по которому теперь предполагалось наказание двух типов: краткосрочное до полутора лет в тюрьмах и долгосрочное до шести лет в исправительных домах. Поэтому Главное управление тюрем приступило к строительству новой современной тюрьмы в Вильнюсе.
Архитектор академик Г. Трамбицкис сделал эскиз здания тюрьмы и по нему инженер-полковник К. Кельчевскис подготовил планы и чертежи. Он также наблюдал за ведением работ. Площадь старой провинциальной тюрьмы была недостаточной для новой тюрьмы, поэтому тюремная комиссия приобрела большой участок земли возле упраздненного кладбища, и в сентябре 1901 года началось строительство.
По приказу губернатора Вильнюса графа Палена в 1904 году первые заключенные были переведены в эту тюрьму из тюрьмы Антакальнис.
Тюрьма Лукишкес была построена по последнему слову техники с водоснабжением, канализацией и системой подогрева воздуха и состояла из двух почти независимых частей - пенитенциарной тюрьмы и следственного изолятора.
Пенитенциарное учреждение построено по модели 1-й тюрьмы Санкт-Петербурга на Выборгской стороне. Это два крыла для двухсот одиночных камер и центральная часть - общие камеры на 221 человека.
В этой части тюрьмы были построены православная церковь, отличающаяся от всего тюремного ансамбля, и католическая церковь. В подвалах тюрьмы под всем зданием находились мастерские, которые при необходимости можно было превратить в общие камеры.
Здание СИЗО похоже на уже упомянутое, в нем было два трехэтажных здания для одиночного заключения, одно двухэтажное здание для камер общего пользования и двухэтажное здание для допроса женщин. В общей сложности насчитывалось 147 общих камер для мужчин и 24 для женщин.
Тюремные церкви следует упомянуть отдельно. Утверждая проект тюрьмы, царь Николай II заявил, что тюремная церковь должна быть особенно шикарной. На самом деле, храм считался одним из самых красивых в Вильнюсе в то время.
Сейчас тюрьма закрыта (присоединена к Вильнюсской исправительной колонии). Тюрьма работала 115 лет. На территории Лукишкской тюрьмы находятся шесть зданий — здания тюрьмы и тюремной больницы, промышленные и административные здания и церковь Николая Чудотворца.
Власти Вильнюса планируют превратить территорию тюрьмы в современное интегрируемое пространство.
Комплекс Лукишкской тюрьмы является культурным наследием Литвы, охраняемым государством архитектурным памятником, территория которого составляет почти два гектара в центре Вильнюса.
В декабре 2019 года тюрьма Лукишкес стала альтернативной Рождественской площадью города. Комплекс открыл свои ворота горожанам в канун рождественских праздников. Территорию, когда-то недоступного к посещению и строго охраняемого объекта, оснастили красочными световыми инсталляциями, установили водную скульптуру, которая служит альтернативой рождественской елки, и повесили интерактивные качели. Для жителей и гостей города альтернативная рождественская площадь открыта с 20 декабря 2019 по 5 января 2020.