В 1934 г. постановлением ВЦИК село Вознесенское Вознесенского сельсовета Сунженского района Чечено-Ингушской АО преобразовано в рабочий поселок Малгобек. Указом Верховного Совета РСФСР от 27 августа 1939 г. поселок преобразован в город. Возникновение и быстрый рост поселка, а затем города связаны с разработкой Малгобек-Горского нефтяного месторождения.
Во время Великой Отечественной войны, одной из главных целей наступления немецких войск на Кавказ в 1942 г. являлось овладение основными районами добычи нефти в СССР. Поэтому после выхода немцев на рубеж Терека в районе Моздока и Прохладного в августе, направление на Малгобек стало одним из приоритетных для дальнейшего наступления. Малгобек — центр крупного нефтеносного района. Напомню, что первые нефтяные месторождения на Северном Кавказе были захвачены в начале августа 1942 г., когда противник занял Майкоп. Кроме того, взятие Малгобека открывало для немцев доступ в Алханчуртскую долину, по которой можно было развить наступление дальше на юго-восток, на Грозный.
В начале сентября немецкая 1-я танковая армия приступила к форсированию Терека в районе Моздока. Тяжелые оборонительные бои, которые вела с немцами на этом направлении советская 9-я армия, составляют Моздок-Малгобекскую оборонительную операцию, которая длилась с 1 по 28 сентября 1942 г. Несмотря на яростные контратаки советских войск, соединениям 1-ой танковой армии удалось создать 2 плацдарма на южном берегу Терека — в районе Моздока (хутор Предмостный) и в районе села Кизляр. Расширяя их, немцы 12 сентября заняли село Малгобек, которое ныне находится на территории Северной Осетии, в северо-западном направлении от города Малгобек, и не имеет отношения к городу в Ингушетии. Однако из-за одинаковых названий часто именно дата 12 сентября ошибочно называется началом оккупации города. В районе села Малгобек оборонялась 37-я армия Северной группы Закавказского фронта, тогда как направление на малгобекские нефтепромыслы с севера прикрывала, как уже было сказано, 9-я армия, располагавшаяся восточнее.
Наступление фашистов на город Малгобек началось лишь 26 сентября с запада, из района истоков Алханчуртской долины, а также с севера, через гребень Терского хребта. Однако первоначальные попытки прорваться в долину, взяв Пседах, Сагопши и Малгобек, не имели успеха. Лишь 5 октября силам 52-го армейского корпуса 1-й танковой армии и 5-й танковой дивизии СС «Викинг» удалось ворваться в западную часть Малгобека. С советской стороны в районе города оборонялись 5-я, 52-я гвардейские танковые бригады, 9-я, 57-я и 59-я стрелковые бригады и другие соединения. К 19 октября фронт стабилизировался, хотя бои местного значения продолжались и позднее.
Полностью захватить малгобекские нефтяные промыслы противник в ходе осенних боев 1942 г. так и не смог. Их восточная часть осталась за советскими войсками. 57-я стрелковая бригада за оборонительные бои в районе Малгобека и попытки контратаковать противника с целью освободить город в октябре 1942 г. была награждена впоследствии орденом "Красного Знамени".
С ноября 1942 г. рубежи обороны в районе Малгобека, на Тереке, на подступах к Моздоку занимают 58-я и 44-я армии. В начале января 1943 г., после катастрофического поражения немцев под Сталинградом, началось наступление Закавказского фронта, в надежде упредить отступление немецких войск, опасавшихся окружения на Кавказе. 3 января 1943 г. силами 58-й и 44-й армий район Малгобека и Моздока был освобожден.
В 1944 г., после депортации чеченцев и ингушей, Малгобек был передан в состав Северо-Осетинской АССР и оставался там до 1957 г., когда был возвращен в состав восстановленной Чечено-Ингушской АССР.
В советский период основой экономики Малгобека оставалась добыча нефти. Имелся кирпичный завод, а также предприятия пищевой промышленности. Население города росло до 1970-х гг., оставаясь затем до начала 1990-х приблизительно на одном уровне. В то же время, постепенно менялся этнический состав населения. Практически с момента основания города число русских уменьшалось, а число ингушей — росло.
С 1992 г., после разделения Чечено-Ингушской АССР, Малгобек находится в составе Ингушетии. В 2000-е и 2010-е гг. в городе, как и в целом по Ингушетии, отмечена активность исламистского, выражаясь современным языком, бандподполья, действующего на Северном Кавказе. В городе неоднократно совершались нападения на сотрудников правоохранительных органов, террористические акты, проводились спецоперации против боевиков.
8 октября 2007 г. в память о мужестве, стойкости, героизме, проявленные защитниками города в годы войны, Указом Президента Российской Федерации Малгобеку присвоено почетное звание «Город воинской славы». 9 мая 2010 г. в городе торжественно была открыта стела, которая сразу же стала одним из символов Малгобека. Еще до ее официального открытия, был изменен герб города — его центральным элементом стала памятная стела. В 2011 г. в серии монет «Города воинской славы» вышла памятная монета, посвященная Малгобеку.
5 ноября 2013 г. в память о воинах 9-й стрелковой бригады, 223-й и 416-й стрелковых дивизий 44-й армии, сформированных в Азербайджанской ССР и воевавших в 1942—1943 гг. в районе Малгобека, в городе была открыта аллея имени президента Азербайджана Гейдара Алиева, которая символизирует дружбу и единство народов России и Азербайджана. В тот же день в Малгобеке был открыт бюст Алексея Береста — одного из участников водружения Знамени Победы над зданием Рейхстага.