Сразу после падения Джунгарского ханства казахи и кыргызы стали проникать в бывшие владения джунгар в Восточном Туркестане. Ничего не могущее с этим сделать циньское правительство пошло на уступки казахам.
Указом богдыхана от 1763 г. казахам Средней Орды было разрешено кочевать в степях Джунгарии при условии уплаты со 100 лошадей по одной лошади и с 1000 баранов по одному барану - Щеглов И.В. Хронологический перечень важнейших данных из истории Сибири. 1032–1882 гг. Сургут, 1993.
Пользуясь этим указом казахи смогли поселиться на территории бывшей коренной Джунгарии, которая простиралась от Или до озера Баркуль и от Алтая на севере до Тянь-Шаня на юге. Казахи смогли отбить "урянхайцев", которые также претендовали на эти земли и стали ее полновластными хозяевами. Сейчас это территории как на территории КНР, так и Монголии.
На территорию бывшей Джунгарии переселилась большая часть казахского племени Кереев.
Кроме того, в составе северо-западной провинции Цинской империи оказались казахские роды джас-табан, меркит, джантекей, ители, чиреучи, каракас, молху (мулку), сар-бас, чубар айгыр, кунь садык, чий моин - Грумм-Гржимайло Г.Е. Западная Монголия и Урянхайский край. Л., 1930. Т. 3, вып. 2.
Так как некоторые из этих родов сейчас вообще не известны среди казахов, то можно сделать предположение, что это были или подчиненные казахами монгольские роды, или кыргызские.
Кроме того, на территории Джунгарии издавна проживали казахские племена Албан, Суан Старшего жуза и кереи, найманы, кызаи Среднего жуза. Они находились в джунгарском подчинении и после разгрома ханства перешли в китайское подданство.
Кроме казахов на территорию Джунгарии проникли кыргызы. В частности племя Нюгейт поселилось в Малой Бухарии (Кашгария) и стало препятствовать караванной торговле между Бухарой и Кашгаром.
Кроме этого кыргызы в Восточном Туркестане представлены потомками племен чонгбагыши, сары-багыши, саяки, черики, кутчу, саруу, мундузы и бугу (проживают близ Кашгара, Аксу и Учтурфана) - Валиханов Ч.Ч. Записки о киргизах // Собрание сочинений: В 5 т. Алма-Ата, 1985. Т. 2. Южные киргизы представлены племенами кыпчаков, найманов, тейитов и кесеков, связанных с «горными киргизами Куньлуня и Памира» - Восточный Туркестан в древности и раннем Средневековье. Этнос, языки, религии. М.: Наука, 1992.
В Маралбаши (Кашгария) поселились Доланы, которые являются смесью уйгуров, казахов и кыргызов.
Между кыргызами и казахами велась постоянная борьба за лучшие кочевья. Однако в кровопролитие это редко переходило.
Но вскоре эти распри вообще прекратились, так как в Восточный Туркестан стали заселять калмыков, ушедших в 1771 году с Волги из русского подданства.
Их присоединили к Олетам и в качестве цинских пограничных войск Цзахачинов поселили в Западной Монголии в аймаке Ховд - монография Т.Уметбаева РАЗДЕЛЕНИЕ ТЕРРИТОРИИ ДЖУНГАРСКОГО ХАНСТВА ПОСЛЕ ЕГО ПАДЕНИЯ НА СФЕРЫ ВЛИЯНИЯ МЕЖДУ КИТАЕМ И РОССИЕЙ
С помощью калмыков циньцы смогли обуздать казахов, которые перестали кочевать где им вздумается. Однако активных действий по выселению казахов и кыргызов маньчжуры не предприняли.
Сделано это было с целью использовать казахов в качестве источника распространения влияния в казахских степях и на Горном Алтае, которые Циньская империя намеревалась включить в свой состав. Однако опасалась Российской империи, которая уже накрепко зацепилась за указанные земли.
Окончательно территориальные претензии обеих держав в этом регионе были утрясены только Пекинским договором 1860 г. и Санкт-петербургским договором 1881 г. и последующим пограничным размежеванием .