Жители города, часто задаются вопросом, почему же здание Двенадцати коллегий было построено не вдоль набережной Невы, а перпендикулярно к ней? Ведь здание, всегда имело большую общественную значимость и в принципе, могло бы стать композиционным центром, Университетской набережной. Есть легенда, которая объясняет это нестандартное расположение здания.
Согласно легенде, Петр Первый, которому пришлось уехать, из строящегося Петербурга, поручил своему первому помощнику, Александру Меншикову, смотреть за ходом строительства Двенадцати коллегий. Когда Меншиков ознакомился с планом, он увидел, что строение, длиной почти в 400 метров, по задумке архитектора, должно ориентироваться фасадом на Неву. Он вдруг понял, что в таком случае на набережной, которая считалась, наиболее фешенебельной частью города, не останется места для его собственного дворца. А Меншиков, не мог допустить этого. Он непременно хотел построить на набережной свой особняк, и возведение здания Двенадцати коллегий явно мешало его планам. Тогда то он и приказал, построить Двенадцать коллегий не вдоль набережной, а перпендикулярно к ней, и на освободившемся месте заложил собственный дворец.
Когда Петр Первый вернулся и увидел, как расположено здание Двенадцати коллегий, он был естественно в ярости. Строительные работы находились уже в самом разгаре, и остановить их не было никакой возможности. В приступе гнева, Петр, даже хотел казнить Меншикова, но остыв - передумал, и дело ограничилось крупным штрафом в государственную казну.
Эта легенда, о здании Двенадцати коллегий и его величественном соседе - дворце Меншикова, у многих вызывает сомнения. Есть историки, которые, что фасад Двенадцати коллегий, хотели ориентировать на центральную площадь города, но позже, планировка Петербурга была изменена, а здание уже было построено.