В 1894 г. Сергей Витте посетил Екатерининскую гавань, после чего предложил императору Николаю II устроить здесь коммерческий порт. В мемуарах Витте писал: «Такой грандиозной гавани я никогда в своей жизни не видел».
В апреле 1896 г. Государственный совет выделил средства на строительство порта на Мурмане. Руководство стройкой было поручено губернатору Архангельска А.П. Энгельгардту, летом было выбрано место для строительства города. Строительство вели русские и норвежские рабочие. За 1897 г. были построены 30 зданий общественного назначения, в 1898 г. уездное управление было перенесено из Колы в Екатерининскую гавань. Имя Александровск город получил в честь императора Александра III 7 июля 1899 г. Тогда же город стал центром Александровского (ранее Кольского) уезда Архангельской губернии. Судя по именному перечню лиц, похороненных на кладбище Александровска в 1899—1920 гг., в число первых жителей входили чиновники, колонисты Платоновки и Екатерининской гавани, выходцы из бывшего уездного центра Колы, северных губерний Европейской России. К началу XX века в городе была построена православная церковь, школа и порт, железнодорожные пути от причалов к складам; город был хорошо обустроен, освещен электричеством собственной электростанции.
В 1926 г. он был преобразован в сельское поселение, а через год стал центром Александровского района, который в 1930-е гг. имел статус финского национального района. В 1931 г. село Александровское было переименовано в Полярное, а в 1939 г. село стало городом Полярный.
В годы Великой Отечественной войны в Полярном находилась главная база Северного флота. Впервые в истории Северного морского театра военные действия распространились на значительные районы Арктики. Считавшиеся ранее недосягаемыми для врага, наши полярные морские коммуникации в юго-западной части Баренцева и Карского морей оказались под его ударами. Действия немецких подводных лодок, рейды надводных кораблей и полеты авиации охватили всю западную часть Северного морского пути до пролива Вилькицкого.
17 июня 1941 г. в Полярном была объявлена боевая тревога. В этот день фашистская авиация начала осуществлять первые разведывательные полеты над территорией главной базы.
Северный флот в начале войны был оперативно подчинен Ленинградскому военному округу, с 24 июня 1941 г. － Северному фронту, а с 10 июля － Северо-Западному направлению и непосредственно взаимодействовал с 14-й армией. Ее войска были развернуты на мурманском и кандалакшском направлениях.
Полярный, являясь единственным крупным населенным пунктом на левом берегу, оказался последним рубежом на пути к Кольскому заливу. В окрестностях города было сооружено два оборонительных рубежа. Эти рубежи занимали 82-я отдельная бригада морской пехоты, 125-й и 126-й морские полки, три артиллерийские батареи и другие подразделения.
29 июня противник перешел границу на мурманском направлении и в результате напряженных боев продвинулся на 30 км. К середине июля сложилась критическая ситуация, резервы 14-й армии были исчерпаны, до Кольского залива оставалось не более 60 км. В эти тревожные дни директивой главнокомандующего Северо-Западным направлением была поставлена задача: помочь 14-й армии изгнать фашистов из пределов страны, «при любом положении на сухопутном фронте Северному флоту оставаться в Полярном, защищая этот пункт до последней крайности».
В эти дни из личного состава кораблей Северного флота были сформированы отдельная бригада, несколько полков и батальонов морской пехоты общей численностью около 10 тыс. чел. В боях на сухопутном фронте они показали образцы воинской доблести, отваги и героизма. Остановить противника помогли артиллерийская поддержка кораблей флота и десанты, высаживавшиеся во фланг наступавшему противнику.
За весь период войны около 40 тыс. моряков-североморцев ушли на сухопутный фронт, защищая Заполярье на мурманском и кандалакшском направлениях, пополнив морские бригады, сражавшиеся в Сталинграде.
На протяжении всей войны штаб Северного флота оставался в Полярном. Отсюда велось оперативное управление разнородными силами на огромном Северном морском театре, отличавшемся суровыми физико-климатическими условиями. В ходе войны Северный флот оборонял морское побережье, поддерживал сухопутные войска, защищал свои морские сообщения и нарушал морские коммуникации противника.
29 июля 1941 г. в Полярном была развернута британская военно-морская миссия. Во время разгрузки конвоя в Мурманском порту корабли эскорта союзников стояли у причалов Полярного.
Основной ударной силой на морских коммуникациях являлись подводные лодки бригады, дислоцированной в Полярном. Во время Великой Отечественной войны бригадой командовали Н.И. Виноградов, а с февраля 1943 г. －И.А. Колышкин. К началу Великой Отечественной войны численность подводных сил на Севере была наименьшей среди других флотов －15 подводных лодок. Именно эти 15 субмарин показали в первое полугодие войны образцы мужества и героизма.
Однако и потери бригады были значительными. Главными из них были люди, накопившие опыт первых трудных месяцев войны. В боевых походах на Северном флоте погибли 23 подводные лодки. Из 15 подлодок, входивших в состав бригады к началу Великой Отечественной войны, победу в Полярном встретили только две: Краснознаменная «Щ-404» и гвардейская «М-171».
Подводники-североморцы, действуя в сложных условиях Заполярья, проявляли самоотверженность, решительность, отвагу и внесли существенный вклад в развитие военно-морского искусства, первыми применив многие тактические приемы использования подводных лодок.
Одной из важнейших задач, решаемых соединениями, базировавшимися в Полярном, стало несение дозорной службы на подходе к главной базе и Мурманскому порту. Кильдинский плес перед входом в Кольский залив являлся наиболее опасным участком прибрежных вод. Именно здесь сосредоточивались подводные лодки противника, атакуя стесненные в маневре суда конвоев.
Катера дивизиона «морских охотников» не только вели систематический поиск вражеских подводных лодок, конвоировали суда, осуществляли противовоздушное прикрытие, но и выполняли разнообразные задачи на коммуникациях противника, ставили минные заграждения, высаживали десанты.
Катерники-североморцы проявляли массовый героизм в борьбе с врагом. 379 из них за годы войны были награждены боевыми орденами и медалями.
В первые же дни войны началась эвакуация гражданского населения из населенных пунктов Мурманской области. Особенность Полярного заключалась в том, что большую часть его жителей составляли военные моряки, служащие береговой базы и рабочие судоремонтных мастерских, продолжавших работу в прифронтовом городе.
Несмотря на частые массированные бомбежки, прифронтовому Полярному был нанесен минимально возможный ущерб. Причиной тому － умелые действия воинов 58-го отдельного зенитного артиллерийского дивизиона противовоздушной обороны. В течение всей войны зенитчики надежно прикрывали город － главную базу флота.
В окрестностях города нашли свою могилу 45 фашистских стервятников. Это была цена за попытки прорваться к главной базе Северного флота. 455 воинов-зенитчиков награждены боевыми орденами и медалями. Около 1500 воинов, служивших в ПВО в Полярном, ушли на различные фронты Великой Отечественной войны, многие из них дошли до Берлина.
Высокая оценка Родины заслуг североморцев в достижении побед над врагом на ее северных рубежах － свидетельство того, что Северный флот с честью выполнил поставленные перед ним задачи в период Великой Отечественной войны. Всего за время войны Северный флот обеспечил проводку около 1400 транспортов союзников, а также 1548 конвоев по внутренним коммуникациям. В результате боевых действий сил флота было уничтожено 628 и повреждено 237 боевых кораблей и транспортов противника, 1308 самолетов. За боевые заслуги в годы Великой Отечественной войны 12 боевых кораблей, частей и соединений флота преобразованы в гвардейские, 47 награждены орденами, 14 присвоены почетные наименования. За ратные подвиги 48 тыс. человек награждены орденами и медалями, а 85 из них присвоено звание Героя Советского Союза.
Указом Президента РФ от 5 мая 2008 г. за мужество, стойкость и героизм, проявленные защитниками города в борьбе за свободу и независимость Отечества, Полярному присвоено почетное звание «Город воинской славы».
15 сентября 2018 г. город был удостоен общественного ордена «Во славу флота российского» 1-й степени.
Сейчас в Полярном находится пункт базирования дивизиона тральщиков Северного флота ВМФ России.