В связи с присутствием в «Хожение» арабско-персидской лексики (упомянутой нами ранее) и мусульманских молитв (в частности, заключительного текста из Корана), обсуждался вопрос о том, не принял ли Афанасий в Индии ислам. Ряд исследователей (например, Г. Ленхофф) считали его «отступником», в то время как Я. С. Лурье полагал, что следует доверять собственным словам Никитина о сохранении им православия.
Хотя другой пример отражает его уступки обычаям чужой страны в вопросах соблюдения христианских обрядов (также на тюркском): «кетъмышьтыр имень, уручь тутътым», в переводе — «с думой: погибла вера моя, постился я бесерменским постом». Как мы видели, хотя Никитин именует Бога по-русски Богом, он также обращается к Олло (Аллаху), Худо и Тангры. В его восточных молитвах обнаруживаются формулы, характерные для исламского религиозного обихода. Да молился есми богу вседержителю, кто сътворилъ небо и землю, а иного если не призывал которого имени, богъ олло,богъ керимъ, богъ рагымъ, богъ ху