Начало Папской области положил франкский король Пипин Короткий, в июне 752 года подаривший после своего похода на лангобардов папе Стефану II территорию бывшего Равеннского экзархата, что считалось «возвращением» папе земель, хотя они ему ранее не принадлежали. В дальнейшем Пипин Короткий несколько раз «округлял» папские владения, и как таковая Папская область возникла в 756 году.
Карл Великий, по всей видимости, первоначально склонялся к основанию в Италии обширного Папского государства. Однако сокрушив угрожавших Риму лангобардов, он отказался от всех своих обещаний, решив оставить Италию себе. Вместе с тем, он всё же пошёл на определённое расширение владений церковного государства с центром в Равенне.
Особенностью Папского государства было то, что его правитель был одновременно и главой всех католиков. Местная феодальная знать рассматривала папу прежде всего как верховного сеньора и часто вела ожесточенную борьбу за престол. Это усугублялось порядком престолонаследия в Папском государстве — ввиду целибата папа не мог передавать власть по наследству, и каждый новый папа выбирался. Первоначально в раннем средневековье в выборах участвовали, кроме духовенства, население Рима и римские феодалы, группировки которых стремились поставить своего ставленника. Порядок был изменён в 1059 году, когда папы стали избираться только кардиналами.
После распада державы Каролингов на папском престоле со второй половины IX века развернулась настоящая чехарда, нередко папы были простыми марионетками римской знати. С 850 по 1050 годы средняя продолжительность понтификата составляла всего 4 года. Произошедшее в этот период крайнее разложение папской государственности породило множество эксцессов.
В 962 году папа Иоанн XII короновал императором Священной Римской империи германского короля Оттона I, который был признан верховным сеньором Папского государства. В 962 году Оттон I в «Привилегии римской церкви» подтвердил все дарения своих предшественников, однако фактически Папская область контролировала меньшую территорию.
Между тем отношения папы и императора были далеки от идеальных; вскоре папская власть в Италии начала прямо конкурировать с имперской. Поняв истинные мотивы Оттона, папа Иоанн XII начал поддерживать его врагов, потерпел поражение и был убит. Оттон возвёл на папский престол Льва VIII, никому не известного имперского рыцаря — лицо недуховного звания. По требованию императора церковный собор за восемь часов последовательно провёл рыцаря через всю сложную иерархическую лестницу духовных званий, причём на некоторых должностях он пробыл всего несколько минут.
«Привилегии» Оттона I были подтверждены его преемниками Оттоном III и Генрихом II. В 1059 году папа Николай II узаконил избрание пап коллегией кардиналов, что помогло обеспечить папскому государству независимость, хотя этот принцип на первых порах не соблюдался. На практике с окончанием периода «порнократии» папский престол превратился в игрушку в руках германских императоров.
Со второй половины XI века усиление позиций папства в церкви и в политической жизни Западной Европы шло параллельно с укреплением власти пап в их государстве. Однако в целом в XI веке Папское государство ещё не было полностью независимым; императоры зачастую вмешивались в выборы пап, а сама церковная область фактически развалилась на ряд полунезависимых феодальных сеньорий. Во время правления папы Иннокентия III (1198—1216) церкви окончательно удалось захватить государственную власть.Папы на какое-то время даже почувствовали себя достаточно сильными, чтобы вмешиваться в назначения императоров и королей. Известна также безуспешная попытка Иннокентия III распространить своё влияние на князя галицко-волынского Романа Мстиславича.
В XII—XIII веках папам удалось значительно расширить территорию своего государства, для чего папе Николаю III и его преемникам пришлось вести войну. В государство были включены такие крупные города, как Перуджа, Болонья, Феррара, Римини и другие. Наряду с так называемым «Патримониумом Святого Петра» (ядром папских владений) были захвачены также Анкона, Сполето и Радикофани, однако удержать Романью и Болонью Иннокентий III не смог.
Очередной конфликт папской власти с имперской произошёл уже при преемнике Иннокентия III — папе Григории IX; в ответ на своё отлучение от церкви в 1239 году император Фридрих II оккупировал всю Папскую область. Когда же папа пытался предать императора суду Вселенского собора, Фридрих II силой задержал иерархов церкви, стремившихся на заседание.
В 1274 году, при папе Григории X (1271—1276), император Рудольф Габсбург официально признал независимость папского государства от императоров Священной Римской империи. Несколько позднее Рудольф уступил церковной области Романью.
Папе Николаю III (1277—1280) и его ближайшим преемникам пришлось вести ожесточенную войну для действительного покорения области; зато после её завоевания она достигла Адриатического моря и обнимала Римский Дукат и Романью, которые она при всех переменах в её судьбе сохраняла (не без значительного изменения границ) в течение 6 веков (до 1859 года).
Во время «авиньонского пленения пап» (1309—1377 годы) Папы фактически утратили контроль над Папской областью, государство пребывало в состоянии феодальной раздробленности. В отдельных городах властвовали местные правители, и власть Пап оказывалась чисто фиктивной; чиновники, присылаемые Папой на места, прогонялись; даже Рим освободился на время от Папской власти.
В семидесятые годы XIV века усилия пап по возвращению господства над Северной Италией, потребовавшие огромных финансовых средств и ловкой дипломатии, принесли успех. Папа Урбан V переехал из Авиньона в Рим, однако под влиянием внутренних раздоров в Папской области в 1370 году вернулся обратно. Окончательное возвращение курии в Рим произошло при следующем папе, Григории XI, в 1377 году. Возвращение пап в Рим, за которым последовал великий раскол западной церкви, не восстановило их власти. Последовавшая борьба между римскими и авиньонскими папами снова ввергла Папское государство в анархию, привела к его разорению.
Вместе с тем в 1409 году противостоявшие обоим папам кардиналы созвали в Пизе Вселенский собор. Он низложил обоих пап, заклеймив их, как раскольников, еретиков и клятвопреступников, и избрал собственного папу Александра V. Чехарда с папами закончилась избранием Мартина V (1417—1431). При нём настал некоторый внешний порядок; но Рим лежал в развалинах, вся Папская область была опустошена.
Однако торжество пап было далеко не полное; так, в 1434 году папа Евгений IV был изгнан из Рима возмутившейся знатью и провёл несколько лет в изгнании.
Особенно расширилась территория при Александре VI Борджиа (1492—1503), сын которого, Чезаре Борджиа, завоевал большое число мелких среднеитальянских государств и возвратил Папскую область приблизительно к границам конца XIII века.
Папа Юлий II (1503—1513) впервые учреждает в своём государстве швейцарскую гвардию. В союзе с Францией и императором, он отнял у Венеции несколько её городов в Романье. Ещё более значительных успехов достиг он, заключив с Францией и Испанией Камбрейскую лигу, в 1508 году; после победы Людовика XII над венецианцами при Аньяделло во власти папы оказалась вся Романья, не исключая и весьма важной Равенны. Папе удалось овладеть Моденой, Пармой, Реджио и Пьяченцой. Таким образом, Папская область достигла апогея своего могущества.
В 1520 году папа Лев X, ввиду протестантского движения, соединился с императором Карлом V против Франции; в войне он приобрел Перуджию, Фермо и Анкону, но потерял Реджио и Модену.
В 1527 году имперские войска, под командой Карла Бурбона, взяли Рим и подвергли его опустошению; папа купил их отступление значительными политическими уступками и 100 000 цехинов. В 1545 году папа Павел III (1534—1549) отдал Парму и Пьяченцу в лен своему сыну, Пьеру Луиджи Фарнезе, и они были потеряны для Папской области (Парма потом ненадолго вновь входила в её состав).
Несмотря на все эти войны, Папская область в XVI веке находилась не в худшем, а скорее в лучшем положении, чем другие государства Италии. Власть пап над всей территорией их государства была восстановлена, а в начале XVI века территория Папской области даже несколько расширилась. Земледелие её процветало; хлебный экспорт достигал суммы 500 000 скуди; производились на вывоз за границу вино, масло, лен, конопля; были богатые соляные и квасцовые промыслы и мраморные ломки. В свою очередь, Папская область получала из-за границы шелк, шерсть, кожи, металлы. Торговля со всем миром была весьма значительна. Еретики преследовались при помощи инквизиции, а также цензуры, созданной в конце XV века.
Со второй половины XVI века Папское государство начало переходить к режиму абсолютной монархии. Началось массовое сворачивание самоуправления городов и централизация управления государством в целом. Раздача в лены постепенно прекратилась, и в Папской области начала крепнуть монархическая власть.
В конце XV века подати, выплачиваемые населением Папской области, были весьма невелики, но в XVI веке начали быстро расти. Папская область начала тратить огромные деньги на войны, содержание двора и борьбу с протестантизмом. Павел III возвысил цену на соль; это вызвало восстание в Перуджии, но оно было подавлено и дало удобный предлог к уничтожению муниципальных вольностей в этом городе. Тот же папа впервые ввел прямой подушный налог, сперва на 3-летний срок, который, однако, постоянно возобновлялся и должен был давать фиску до 300 000 скуди. Не довольствуясь этим, папы, начиная ещё с Сикста IV, а потом в особенности с Льва X, стали практиковать в весьма широких размерах, лишь только у них являлась надобность в экстраординарных расходах, — продажу должностей.
К концу XVI века от муниципальных вольностей сохранились только жалкие остатки; папа был уже почти совершенно неограниченным монархом в нынешнем смысле этого слова; его страна, более чем какая бы то ни было другая во всей Италии, страдала от тяжести налогов; их рост не улучшал финансового положения правительства, так как новые доходы в основном тратились на выплату процентов по займам или содержание чиновников, купивших себе места. Некоторое временное изменение папской политики имело место во время папы Сикста V. Властолюбивый и деспотичный, экономный до жадности, он все же стремился поднять экономическое состояние страны и не стеснялся сокращать государственные расходы даже на такие отрасли управления, как армия. Главным его делом было истребление разбойников в стране.
Скоро после Сикста разбойничество вновь усилилось. Финансовая система оставалась неизменной — налоги, займы, продажа должностей. Сиксту V удалось оздоровить папские финансы, создав «Сикстинскую сокровищницу» в Замке Святого Ангела, скопив для своих преемников капитал в 4,25 млн скуди; его «сикстинская сокровищница» сохранилась, хотя все убывая, до конца XVIII века.
Следующие папы продолжали политику своих предшественников. Урбан VIII особенно заботился об увеличении военных сил страны; при нём была значительно увеличена постоянная армия и возведен ряд крепостей; в Тиволи устроен оружейный завод. Тем не менее, государственный долг за это время заметно вырос. В экономическом развитии Папское государство значительно отставало от развитой Северной Италии. Папы не допускали самоуправления в городах, в деревнях долгое время сохранялась личная зависимость крестьян в её наиболее тяжёлых формах.
Несмотря на расстроенные финансы, Папская область в политическом отношении была ещё сильна. В 1598 году она получила Феррару, в 1623 году — герцогство Урбино. С конца XVII века, вслед за финансовым и экономическим разорением, начался и политический упадок Папской области. Во всех войнах сказывалась военная слабость Папской области.
В 1768 году вследствие чисто церковного спора, Франция заняла все ещё принадлежавшие Папской области графства Авиньон и Венессен на юге Франции, а Неаполь — Беневент и Понтекорво, и только уступчивость папы вернула эти местности под его власть.Великая французская революция имела роковое влияние на судьбу Папской области. В международных отношениях Папская область перестала быть величиной, с которой приходилось бы особенно считаться. В самой Папской области было слишком сильно́ недовольство деспотически-клерикальным управлением пап
Папское государство оказалось самым тесным образом вовлечено в Наполеоновские войны. Ещё в 1791 году французы заняли Авиньон и Венессен, и папа оказался не в силах протестовать. В 1796 году французская армия заняла Урбино, Болонью и Феррару. Папе Пию VI удалось купить очищение этих мест уплатой контрибуции в 21 млн франков.
В 1797 году генерал Бонапарт снова вторгся в Романью, занял Имолу, Фаэнцу, Форли, Чезену, Урбино и принудил папу формально отказаться, по Толентинскому миру, от Авиньона и Венессена — в пользу Франции, от Болоньи, Феррары и Романьи — в пользу Транспаданской (потом Цизальпинской) республики и уплатить новую контрибуцию в 16 млн франков. В Анконе был оставлен французский гарнизон.
В феврале 1798 года французские войска под командованием Бертье заняли Рим, где произошла революция. Была провозглашена Римская республика. От папы Пия VI потребовали отречения от светской власти; он отказался, был вывезен из Рима и умер в изгнании.
После поражения Наполеона 2 мая 1814 года Пий VII вернулся в Рим. Папское государство было восстановлено. За эти годы увеличились доходы от земледелия и торговли, выросло благосостояние людей; долг сократился до 33 млн, государственные доходы поднялись до 7 млн скуди. В 1815 году во время «Ста дней» Рим опять подвергся нападению — на этот раз Мюрата. Папа должен был бежать из Рима.
Венский конгресс 1814—1815 годов восстановил ликвидированную Наполеоном Папскую область, однако она вошла в полосу экономического, технического и государственного упадка. Вместе с тем росло и политическое недовольство, сказывавшееся в распространении тайных обществ карбонариев.
Папская область не смогла также остаться в стороне от серии революций 1848 года в Европе: в 1848 году революция перекидывается на Рим, где в феврале 1849 года провозглашается Римская республика. Папа Пий IX бежит в Гаэту. Но в июле Рим был взят французскими войсками и 14 июля он формально объявил о восстановлении в Риме папской власти.
Воспользовавшись Франко-прусской войной в 1870 году, когда французский гарнизон был отозван на прусский фронт, королевские войска двинулись к Риму. Папа приказал небольшому отряду римских солдат и швейцарской гвардии оказать символическое сопротивление и переехал из Квиринальского дворца на Ватиканский холм, объявив себя «ватиканским пленником» и отказавшись идти на какие-то компромиссы с объединённой Италией, обещавшей ему почётный статус. Таким образом, в 1870 году Папская область прекратила своё существование, весь Рим, кроме Ватикана, перешёл под контроль Италии и стал её столицей, Квиринальский дворец стал резиденцией Виктора Эммануила II — первого короля объединенной Италии.
До 1929 года правовой статус Святого Престола оставался неурегулированным (римский вопрос), государства продолжали аккредитовать при папе дипломатические представительства, в то время как Пий IX и его преемники продолжали претендовать на светскую власть, считали себя «пленниками» и избегали покидать Ватикан и даже давать традиционные благословения на площади Святого Петра (находившейся под контролем Италии). В 1929 году в понтификат Пия XI между правительством Муссолини и Святым престолом был заключён конкордат, создавший новое папское государство — город-государство Ватикан площадью 44 гектара.