14 июля 2013 года на официальном твиттере «Баварии» была опубликована запись о договорённости с руководством «Барселоны» о сумме трансфера молодого игрока. Переход Тьяго обошёлся мюнхенцам в €20 млн. Стоит отметить, что на перспективного полузащитника претендовали «Манчестер Юнайтед» и «Реал Мадрид», но Алкантара предпочёл им «Баварию», так как хотел продолжить играть под руководством Хосепа Гвардиолы. Стиль игры Алькантара очень важен из-за многих влияний, которые он испытывал на протяжении многих лет. «Мне повезло, что я получил отличную смесь», он сказал Reuters. «У меня есть бразильские корни моего отца, и в Испании меня познакомили с лучшей организацией на поле и получили тактическое понимание». Однако его самое большое влияние остается Пеп Гвардиола: «Он изменит то, как вы думаете о футболе», Тьяго сказал bundesliga.com. «Так было со мной».