Главное отличие касается правописания, морфологии и фонетики. Лексический запас обоих языков почти идентичен - различной является форма слов.
В чешском языке к тому же существуют следующие графемы: Ě (мягкое Е), Ř (по-русски передается как РЖ или РШ) и Ů (долгое У, которое в отличие от Ú никогда не может быть в начале слова). В словацком языке существуют Ä (четкое Э), Ľ (мягкое Л), Ĺ (долгое Л), Ô (как русское ударное О) и Ŕ (долгое Р).
Словацкая грамматика гораздо проще и регулярнее чешской. В словацком, например, всегда после долгого гласного должен следовать краткий, в чешском такого правила нет (чеш. krásný, слов. krásny). Чешский в отличие от словацкого не соблюдает ассимиляцию, язык следует историческим правилам (чеш. zprávy, слов. správy). В чешском склонении много исключений из правил, словацкое склонение регулярнее (тв. п.: чеш. s pány, s ženami, s městy, слов. s pánmi, s ženami, s mestami). В чешской грамматике существуют изменения корневых согласных, словацкий подобного изменения не знает (чеш. liga - v lize, слов. liga - v lige). Сложнее в чешском также спряжение, например, 1 лицо ед. ч. имеет окончания: -i, -u, -m, в словацком же только -m. Окончание прошедшего времени в чешском изменяется по родам, в словацком остается одинаковым (чеш. muži měli, ženy měly, města měla, слов. muži mali, ženy mali, mesta mali).
Чехи постоянно используют звательный падеж, в словацком людей зовут, используя именительный (чеш. pane!, ženo!, слов. pán!, žena!). Словацкий язык богаче неоднородностью диалектов. Чешский имеет более заметную разницу только среди моравских и силезских диалектов.
Слова в общем и целом похожие. Заметное отличие можно найти в зоологической и ботанической тематике, где словацкий не использует чешские по происхождению слова, но употребляет свои собственные. Разница касается также этимологии слов. Чешский язык заимствовал много слов из немецкого языка, а словацкий - из венгерского.
