По неочевидным причинам корзина делится на две части и оплачивать нужно дважды.
Хотя при оплате Озон пришлет в обоих случаях авансовые чеки ККТ
Ещё один нюанс с точки зрения User eXperience (UX): оплата обычных товаров возможна в приложении с применением *Pay (удобство таких платежей повышает лояльность и процент успешных заказов), а возможность оформить сертификаты оплатой через *Pay появилась в приложении только недавно, и то по одной штуке за раз.
Кстати, у Ozon есть ограничение на активацию 3 сертификатов в сутки. Так что, например, если вам друзья на день рождения подарили много сертификатов, то понадобится несколько дней, чтобы получить возможность их применить.