Мазепа много и усердно писал Царю о неблагодарных гетману украинцах, о бесконечном народном недовольстве. Этими жалобами он хотел вызвать у московских панов признательность себе же за свою хорошую службу и верность царю. Однако по большому случаю это не имело эффекта. Опыт истории русско-украинской унии показывал, что московским панам не было смысла поддерживать неудачных украинских политиков и полководцев, а верность забывалась из ненадобности. Вдобавок поддерживать человека, против которого идёт восстание, смысла примерно нуль.
Однако Мазепа был на позитиве и полагал, что с русской помощью все трудности пережить можно. Его верная служба России становилась тяжкой для украинцев. Они "отпадали" от русского царя и ясновельможного гетмана, теряли доверие к ним. Гетмана считали верным слугой москалей.
Новое правительство Петра I возобновило войну с Турцией и Крымом в 1695 году, и в продолжение четырёх лет казацкое войско из года в год должно было ходить в походы по указанию царя: то на турков, то на татар, а одновременно Украина страдала от татарских набегов. Но это был не конец бед украинцев. После Турции, пан Пётр начал войну со Швецией, чтобы открыть дорогу к Балтийскому морю. И снова, начиная с 1700 года, казаки из года в год за свой счёт должны были ходить в далёкие походы за бесплатно. Многие казаки становились калеками, бродягами, терпели побои от русских офицеров, погибали от непривычного климата. Кроме войны, украинцев постоянно привлекали к трудовым повинностям. В 1706-1707 они строили укрепления в Украине, так как пан Пётр опасался похода шведов на юг. В военных условиях казаки работали летом и зимой, опять же терпя побои от русских надсмотрщиков. Русские полки, стоявшие в Украине, требовали содержание от местных. Всё это в совокупности вызывало роптание среди украинцев.
Согласно сведениям секретарей пана гетмана, русские надсмотрщики били украинцев палками по голове, рубили уши, русские солдаты грабили, жгли дома, насиловали жён и дочерей, конфисковали имущество, убивали казачих старшин. Самые смелые гетманские полководцы говорили Мазепе, что он будет вовеки проклят, если даст унижать казачество.
До сих пор Мазепа, с русской помощью, был спокоен. Однако к 1705 положение Москвы существенно ухудшилось. Предприимчивый и талантливый король Швеции Карл XII победил датчан, поляков и принялся за Россию.
Мазепа судорожно просил у Петра новые войска, на что получил от него отказ: люди царю при угрозу падения страны нужнее. Своими силами Мазепа ничего сделать не мог. При этом было понятно, что при вторжении шведов, в отсутствии московских полков, украинцы восстанут и устроят террор против гетманства. Даже некоторые украинские паны симпатизировали Швеции.
Швецию и Украину связывало многое. Ещё во времена Хмельницкого в Украине были прошведские партии. Теперь же украинцы желали с помощью шведского оружия довершить дело великого Богдана: добиться независимости Украины.
У пана Петра возникали же всё новые шизоидные мысли. То он хотел ввести среди украинцев рекрутские наборы, то образовать из Украины вотчину для английских дворян (чтобы подружиться с Англией), то он просил у немецкого императора подарить титул имперского герцога Мазепе, чтобы безболезненно лишить его власти. Изготовлены были уже грамота и герб. Мазепа понял, что царю Петру плевать на верность: он диктатор, а собачья благодарность им, диктаторам, чужда. Мазепе нужно было действовать. Настало время.
Перемены настали и на Правобережье. Тамошние полководцы хотели объединения с Гетманщиной, дабы вместе уничтожить поляков. С 1688 Палий и его союзники умоляли Мазепу взять их под свою власть, но царь Пётр отказал им всем: Польша была союзником России, и вдобавок юридически правый берег Днепра принадлежал Короне. Тем временем прошведский польский гетман уничтожил брацлавские и подольские казачьи полки и обратил взор на Палия. Тот занервничал и снова пошёл просить Мазепу о помощи. Царь снова бойкотировал решение: прошведских поляков обещал усмирит. Тогда Мазепа, не желая упустить Правобережную Украину, решит выступить без царского соизволения.
Петру пришлось пойти на уступку. Летом 1704 года царь приказал Мазепе разорять правобережных магнатов, поддерживающих Швецию. Мазепа был готов выступать, однако побоялся Палия - опасного и популярного казака. Мазепа приказал схватить его, а в Белую Церковь на его место поставить своего племянника Омельченка. Казаки Палия были в войске Мазепа. Белоцерковские казаки хотели защищаться, но местные мещане сдели город. Фастовщиной стал править Омельченко. Мазепа обвинил Палия в контактах со Швецией, и последнего сослали в Сибирь. Палий был навсегда уничтожен и политически ликвидирован.
Мазепа завладел Правобережьем. Это был первый случай, когда он резко нарушил волю царя. Но пока это не вызывало осложнений: Мазепа объяснил своеволие засильем на Правобережье шведофильских польских магнатов. Пётр согласился. Однако уже в 1707 году царь приказал Мазепе отдать земли полякам. Мазепа отказался.
Разрыв Украины и России состоялся.
