Возникнув в IX веке на обломках великих тюркских каганатов, государство Караханидов начало своё бурное развитие, одной из главных черт которого стало широкое градостроительство. Города Караханидов, уже являвшиеся полноценными научными, ремёсленными и торговыми центрами, появлялись повсюду - и в казахских степях, и в отрогах великого Тянь-Шаня, и в плодородном Мавераннахре - междуречье Амударьи и Сырдарьи и являлись сияющими жемчужинами в короне караханидских ханов, но ни один из них не мог сравниться во всём своём великолепии с первой столицей Караханидов городом Баласагун.
Вообще, Баласагун существовал на севере Чуйской долины (ныне казахско-киргизская граница) задолго до образования государства Караханидов, но представлял он из себя маленькую пограничную крепостцу, находившуюся в подчинении у соседнего города Исфиджаба, из которого, собственно, и происходили Караханиды. После того, как правитель Исфиджаба Бильге-кюль объявил себя караханом всех тюрок, он выбрал столицей своей империи именно Баласагун, бывший для него как летней резиденцией, так и надёжным убежищем во время войн и гражданских беспорядков. Объявление Бильге-кюлем столицей Баласагуна во многом предопределило судьбу государства Караханидов, ведь его образованные жители (в основном таджики по национальности) стали основой чиновного аппарата нового государства, а так, как они к тому времени уже исповедовали ислам, то неудивительно, что эту религию сначала приняли представители правящей династии, а затем и остальные тюрки, что дополнительно сплотило их государство и сослужило Караханидам добрую службу во время войн с мусульманскими государствами Средней Азии.
При Караханидах для Баласагуна наступил период богатства и процветания. Фактически отстроенный заново согласно мусульманским представлениям о градостроительстве, Баласагун стал важным торгово-ремёсленным, религиозным и культурным центром Средней Азии, в котором мирно уживались тысячи людей самых разных вероисповеданий. Обширные ирригационные работы, превратившие когда-то засушливую местность вокруг Баласагуна в цветущий сад, позволили в полной мере развиться материальной культуре народов Караханидского ханства. Не осталась в стороне от развития и духовная культура: так, именно в Баласагуне родился основоположник тюркской художественной литературы Юсуф Баласагуни и там же были открыты первые высшие учебные заведения - медресе, в которых готовили не только священнослужителей, но и специалистов по всем естественным и общественным наукам.
Междоусобные войны, сотрясавшие империю Караханидов в XI-XII веках, нанесли Баласагуну незначительный ущерб, но в 1130 году город взяли и разрушили кара-кидани под предводительством Елюй Даши, сделавшие потом его своей столицей, хотя сами кара-киданьские гурханы предпочитали жить не в нём, а в загородной ставке Куз Орду. При кара-киданях Баласагун быстро восстановился от последствий этого разгрома и вновь стал важным центром Средней Азии, за тем исключением, что в нём теперь преобладала не тюркская, а монгольская этнокультурная доминанта.
В 1210 году найманы, спасавшиеся на землях кара-киданей от Чингисхана, после 16-дневной осады взяли и разрушили Баласагун, который через 8 лет без боя сдался Чингисхану. Монголы отстроили его заново, дали новое имя Гобалык ("хороший город") и сделали его столицей своего государства Улуса Чагатая. Под монгольской властью Гобалык быстро восстановился заново, но в 1338 году на город обрушилась эпидемия чумы, более известная, как пандемия "чёрной смерти", от которой вымерло всё его население а сам город навсегда исчез с лица земли, но место, где он располагался, оказалось настолько удобным для поселения, что в XIX веке на его месте была основана кокандская крепость, ставшая позже городом Токмак.