Все началось с 13 ноября 2007 года, когда игра попала на прилавки магазинов и нам дали возможность попасть в средневековое Иерусалимское Королевство, но и в недалекое будущее, в котором и протекает основной сюжет игры.
Корпорация «Абстерго» создала механизм, который воспроизводит любые временные отрезки и жизненные ситуации из памяти предков. Механизм этот назывался "Анимусом", а его создатель был Уоррен Видик. С целью найти кое-что они находят потомка Альтаира ибн-Ла-Ахада — Дезмонда Майлза и похищают его. С этого момента и начинается история.
При помощи Анимуса Майлза помещают в тело Альтаира, однако эта попытка оказывается неудачной, из-за сбоев в Анимусе. И поэтому Уоррен и его ассистентка Люси Стиллман решают начать с более раннего блока памяти.
Попытка позволила установить прошлое Альтаира. И отправляет нас в 1191 год, где Альтаир вместе с ассасинами прибывает в Храм Соломона в Иерусалиме, чтобы не дать тамплиерам завладеть артефактом — "Яблоком Эдема". Эта миссия не увенчалась успехом и Альтаир возвращается обратно домой в Масиаф. Вскоре туда же возвращается один из тех, кто был вместе с Альтаиром на той миссии. И это привело войска тамплиеров прямо в деревню ассасинов. Тамплиеры потребовали вернуть "Яблоко", но глава ассасинов Аль-Муалим отказывает им. И тут начинается бой между ассасинами и тамплиерами, где естественно побеждают ассасины. После это атаки Аль-Муалим гневно отчитывает Альтаира на глазах своих подданных, предъявив ему, что он нарушил три основных правила ассасинов, которые являются непреложным законом. Вонзив кинжал в живот Альтаира, наставник расправляется с ним.
Как оказалось ассасин не умирает, Аль-Муалим лишь создал иллюзию казни. Но, сохранив жизнь, его понижают рангом, лишают личного оружия и многих воинских способностей. После этого Аль-Муалим поручает ему найти предателя, пустившего в Масиаф врагов.
Альтаир успешно выполняет это задание. Ему возвращают часть оружия и поручают найти и убить 9 людей, которые были в списке Аль-Муалима. Первая жертва ассасина – Тамир, торговец оружием из Дамаска. После убийства Альтаир возвращается в Масиаф, где получает две новых жертвы. Одна была в Акре — магистр Гарнье де Наплуз, который является местным лекарем. Вторая — в Иерусалиме, работорговец Талал.
Затем по сценарию Альтаир возвращается в Масиаф и узнаёт от Аль-Муалима, что его жертвы состояли в Ордене Тамплиеров и подчинялись Роберу де-Сабле, что тамплиеры хотят закончить войну между крестоносцами и сарацинами и создать новое государство на Святой Земле. После чего глава ассасинов снова выдает цели, на этот раз их три — в трех разных городах. Первая — в Дамаске. Это богатый купец Абу-аль-Нуквод. Следующая — в Акре. Это Вильям Монферрат, командующий армией короля Ричарда Львиное Сердце. А последняя цель находится в Иерусалиме. Это Мажд-Аддин, он правит городом в отсутствие основного правителя — Саллах-Аддина. Затем Дезмонда вызволяют из Анимуса. И от Люси он узнает, что корпорация Абстерго принадлежит тамплиерам. Отдохнув, он снова погружается в Анимус.
Там мы видим картину: Аль-Муалим показывает Альтаиру "Яблоко Эдема". Глава утверждает, что "Яблоко" обладает сверхъестественной силой. После чего даёт две новые цели, и Альтаир приступает к их выполнению. Первая цель находилась в Дамаске. Это – Джубаир, придворный ученый египетского султана. Вторая цель – Сибранд, магистр Тевтонского Ордена в Акре.
После очередной вылазки из Анимуса Люси рассказывает Дезмонду истинную цель тамплиеров. О том, что на самом деле им не достаточно Яблока Эдема, которое видел Альтаир, они пытаются понять, где находятся все остальные частицы Эдема, которых много.
Пройдя весь этот путь, Аль-Муалим даёт последнюю цель – убить Робера де Сабле, который находится в Иерусалиме. После прибытия в город Альтаир узнаёт, что цель будет присутствовать на похоронах Мажд-Аддина. Но похороны оказываются ловушкой для ассасина, его окружает охрана. Расправившись с воинами, Альтаир хватает Робера. Перед тем как убить его он снимает с него шлем. И увидил, что перед ним не Робер, а девушка по имени Мария Торпе. Она рассказывает, что Робер отправился в Арсуф, чтобы заключить союз между сарацинами и крестоносцами против ассасинов. Альтаир немедленно отправляется туда, где находит Робера и короля Ричарда. Он пытается вразумить короля, доказывая, что Робер предатель. Тогда король предлагает им сразиться между собой. В этой дуэли побеждает ассасин, и Робер перед смертью раскрывает тайну Аль-Муалима. Оказалось, что Аль-Муалим был в числе тамплиеров, вместе с которыми он нашел артефакт "Яблоко Эдема". Однако, впоследствии он захотел единолично обладать этим артефактом и решил убить всех соучастников. Альтаир понял, что Аль-Муалим лишь использовал его для того, чтобы осуществить свой коварный план.
Ассасин срочно направился в Масиаф. На подходе к крепости на него нападают ассасины, разум которых помутнён воздействием "Яблока". Альтаиру приходиться вступить в неравный бой, но на помощь ему приходит Малик с несколькими войнами. Он рассказывает Альтаиру, что узнал тайну Аль-Муалима. Альтаир направляется в крепость, где вступает в схватку с Аль-Муалимом. В итоге духовный лидер убит, из его руки выпадает Яблоко, из которого появляется голограмма Земли с отмеченными точками, где предположительно хранятся другие Частицы Эдема.
После этого Дезмонд выходит из Анимуса. Видик докладывает руководству «Абстерго», что добыл координаты "Частиц Эдема". Руководство компании решает избавиться от Дезмонда, но Люси сообщает, что в его памяти есть много полезной информации, поэтому он может еще пригодиться. В итоге у Дезмонда открывается способность, которой обладал Альтаир — орлиное зрение, благодаря чему он видит кровавые знаки на полу и стенах лаборатории. На этом путешествие в первой части заканчивается.