В конечном счете, государственная защита позволила лютеранским и швейцарским реформам выжить и процветать. С самого начала, однако, были отдельные лица и группы, вдохновленные евангельским посланием, но отказывавшиеся приспособиться к требованиям ранней современной социальной и политической жизни, с ее акцентом на соответствие и порядок. В 1521 году в Виттенберг прибыли три мирянина, так называемые пророки Цвикау, которые утверждали, что Бог говорил с ними напрямую; они были одними из первых представителей радикального или "левого крыла" Реформации. За ними быстро последовали другие Швармеры, или лжелюбители, как их называл Лютер: те, кто следовал вдохновению и видениям, вместо того, чтобы полагаться на слово Божье, как оно было открыто в Священном Писании и истолковано обученными богословами. Одним из наиболее примечательных был Томас Мюнцер, проповедовавший радикальное апокалипсическое послание и казненный в 1525 году за свою роль в крестьянском восстании. Это восстание 1524/5 годов было беспрецедентным по своим масштабам, начавшееся на юго-западе Германии, но в конце концов распространившееся до Саксонии на востоке и Австрии на юге. В значительной степени оно было мотивировано социально-экономическими проблемами, но черпало вдохновение и динамизм в евангельских проповедях таких деятелей, как Мюнцер. Она подтвердила для Лютера и других людей, что религиозный радикализм будет служить предвестником социального восстания и насилия.
Различие между армией - под руководством государства - и радикальной реформой было поставлено под сомнение в недавней историографии: она имеет тенденцию не только изгнать вместе отдельных лиц и группы, у которых было мало общего, но и преуменьшить радикальное содержание протестантского учения. Тем не менее, существовали христиане, чьи убеждения и практики отличали их от институциональных церквей той эпохи. Среди этих "радикалов" - "непокорных отпрысков" Мартина Лютера, как их недавно описывали - были анабаптисты. Первоначально анабаптистский термин, или ре-баптизер, использовался для очернения членов различных разрозненных групп, возникших в Германии и Швейцарской Конфедерации в 1520-х годах. Под руководством бывшего монаха Михаэля Саттлера группа этих анабаптистов в 1527 г. сформулировала Шлейфхаймское исповедание, первое из многих высказываний веры в эпоху Реформации. Они защищали крещение взрослых, описывая обряд как "завет доброй совести с Богом". Они отказывались приносить клятвы или брать в руки оружие: по сути, они отвергали, основываясь на своем толковании Священного Писания, любую форму участия в мирских делах.
Саттлер был казнен австрийскими властями в 1527 году: ему вырезали язык, затем пытали раскаленными железными щипцами и сжигали. В 1528-9 гг. крещение было названо в Империи смертным преступлением, после чего последовали сотни казней. Подъем и падение Мюнстерского царства в 1534-5 гг. подтвердили анабаптистскую репутацию подрывника. В Вестфальском городе Анабаптисты во главе с Яном Маттисом (бывшим пекарем), а затем Яном ван Лейденом (бывшим портным), основали теократию - попытку создать новый Иерусалим, божественную общину на земле. Это был альтернативный религиозный и социальный мир: в дополнение к крещению взрослых, новые руководители города ввели общинное владение товарами и полигамию. Эксперимент продлился недолго: город был вновь захвачен католическим князем-епископом Мюнстера; Ян ван Лейден и два его товарища были замучены и казнены, их тела помещены в железные клетки на башне главной церкви города в качестве предостережения. Мюнстерское восстание жило, однако, в общинной памяти, и на протяжении всего 16 века анабаптисты безжалостно преследовались на территории империи. Некоторые из них на некоторое время нашли пристанище в поместьях польской и чешской знати в восточной части центральной Европы, а затем, в результате рекатолицизма 17 века, были вынуждены бежать подальше. Анабаптисты выжили в относительно разнообразной религиозной среде северной Голландии; некоторые - особенно меннониты - в конце концов оказались в числе тех религиозных групп, которые перешли Атлантику, чтобы основать новые общины в Америке.