На протяжении всей этой конфессиональной эпохи религия служила для оправдания и продления войны, а религиозное насилие и страдания продолжались и в XVIII веке: в 1731-32 годах католический архиепископ Зальцбургский изгнал 19 000 лютеранов со своей территории, вынудив их бродить по Европе в качестве беженцев (многие из них оказались в Берлине курфюрста Фредерика Вильгельма). Отдельные голоса выступали за терпимость, и в некоторых частях Европы - в частности, в Германии и Голландской Республике - простые люди действительно научились жить с религиозным многообразием, сосуществуя в смешанных конфессиональных общинах. Но рост религиозной терпимости был болезненно медленным процессом, который и сегодня еще далек от завершения.
Учение Лютера угрожало традиционным стенам церковной власти, но теперь, в Виттенберге, он начал возводить новые стены, которые защищали бы его собственную власть. Однако ничто не могло сдержать его идеи. В 2017 году общественное и научное внимание неизбежно было сосредоточено на одной конкретной Реформации: Лютера. Однако реформа религиозной жизни XVI века была обусловлена огромным разнообразием людей, идей и событий. Ранний современный период был свидетелем не одной Реформации, а многих. Католицизм - как средневековый, так и раннесовременный - ни в коей мере не был единообразен в своих верованиях и практиках, но его разнообразие было ничем по сравнению с протестантством. Нам остается только подумать об огромном разнообразии баптистских или пятидесятнических церквей в сегодняшней Америке, чтобы увидеть некоторые долгосрочные последствия отмены папской власти, проповеди священства всех верующих и наделения мирян возможностями для толкования слова Божьего.
Некоторые из этих разрозненных Реформаций развивались, как и Лютера, в тесном диалоге с местными политическими властями. В Цюрихе, например, Цвингли, который в 1518 году был назначен народным священником в главной церкви города, возглавил Реформацию, которая сильно зависела от его собственной харизматичной личности и проповеди. Он был обязан Эразмусу значительным интеллектуальным долгом, и его учение было сформировано ранними сочинениями Лютера. Существовали ключевые богословские различия между Лютером и швейцарскими реформаторами, наиболее важными из которых были Цвингли и Генрих Буллингер в Цюрихе и Иоганнес Оэколампадиус в Базеле. Именно вопрос о реальном присутствии Христа в Евхаристии, как мы видели, разделил их непримиримо. Они также придерживались разных взглядов на характер и темпы реформ. Цвингли был более готов, чем его виттенбергский коллега, отменить старый порядок и сохранить только то, что было необходимо, чтобы соответствовать его видению Божьего плана. В тех частях Швейцарской Конфедерации и южной Германии, которые следовали реформаторскому учению Цвингли и его преемников, церкви были лишены образов, литургия была упрощена, а моральная и социальная дисциплина контролировалась посредством создания судов.
Городская реформация в Швейцарии и южной Германии во многих случаях была подкреплена народной поддержкой евангельских идей. Ремесленники и гильдии оказались восприимчивы к проповеди и печатной полемике, которая критиковала иерархов римской церкви и их финансовую эксплуатацию мирян и которая подчеркивала духовную свободу и равенство. Иконоборчество было одним из способов выражения их взглядов. В Базеле миряне уничтожили многие изображения в городских церквях в 1529 году.. Для городских магистратов, как и для княжеских правителей, решение о проведении религиозной реформы было принято отчасти из-за необходимости поддерживать порядок. Доступ к церковной собственности был, конечно, также важным соображением, в Германии и Швейцарии не меньше, чем в Англии при Генрихе VIII. Эта собственность включала в себя не только землю и деньги, но и законные права и привилегии. Введение Реформации - будь то лютеранская или реформатская - заключалось в том, чтобы передать церковь, ее материальные блага, традиционные иммунитеты и контроль над образованием и благотворительностью под контроль светских властей. В конце концов, эти протестантские церкви стали частью административного аппарата своих городов и территорий. Пасторы стали, по сути, государственными служащими, ответственными не только за проповедь, но и за общественный порядок и нравственность, за социальное благополучие и за надзор за образовательными системами, которые навязывают конфессиональное православие.