В строке «Выполнить» набери команду certmgr.msc. Найди не нужный сертификат, кликни по сертификату правой кнопкой и подтверди удаление.
Каталог с сертификатами. В диспетчере сертификатов - certmgr.msc
Удалить сертификат ЭЦП можно и через Крипто Про
вкладка «Сервис», нажми кнопку «Удалить» и «Обзор». Выбери нужный контейнер. Нажмите «Ок».