Апанаевская мечеть строилась параллельно с мечетью Аль-Марджани в 1768 -1769 годах.
С возникновением святыни образовался второй мусульманский приход в Казани, отсюда название мечети - Вторая соборная. Другое ее название Байская, связано с родом купцов Апанаевых - попечителей мечети.
Апанаевская мечеть была центром самой богатой махалли (мусульманской общины) города.
В 1930 годы были разрушены минарет и своды перекрытия второго этажа с крышей, в здании разместился детский сад.
В 2007-2011 годы по республиканской программе «Мирас» («Наследие») проведена комплексная реставрация Апанаевской мечети.