В ответ на начало массированных воздушных налетов Люфтваффе на Москву Ставка Верховного Командования приняла решение приступить к бомбардировке столицы нацисткой Германии – г. Берлина.
1 августа 1941 г. Особая авиационная группа получила распоряжение перебазироваться с аэродрома Беззаботное на аэродром Когула (о. Эзель) для действий по Берлину.
Для полета выбирался кратчайший маршрут, сводящий к минимуму возможность потери ориентировки (у большинства самолетов отсутствовали радиополукомпасы) и обеспечивающий надежный выход на цель, а также скрытность от вражеских постов. Маршрут прокладывался с наименьшим колическвом изломов. Первый час машины летели на высоте 200-500 м, затем поднимались до 4000 м. За 100 км от берега набирали высоту до 5000 м. Над территорией Германии (от Свинемюнде до Берлина и обратно) полет проходил на максимальной высоте 6000-7000 м, главными ориентирами при этом служили озера. Бортовые огни самолетов были выключены, что чрезвычайно усложняло задачу ведомым экипажам — в темноте удержать место в строю можно было, ориентируясь лишь по слабо заметному (не далее 30 м) пламени выхлопных патрубков. Поэтому нередко удары наносились одиночными самолетами.
Германская столица от воздушных атак была прикрыта довольно неплохо. В радиусе 100 км вокруг города располагались зенитные батареи. Зона действия зенитной артиллерии простиралась на 160 км от Берлина, вокруг которого было создано три кольца обороны: первое – радиусом 20-30 км, второе – радиусом 10-15 км и третье – непосредственно над городом. Прожекторные батареи обслуживали все зоны Берлина. Их количество возрастало по мере приближения к городу. Широко применялись аэростаты заграждения, заставлявшие бомбардировщики производить бомбометание с высоты не ниже 4000 метров. Однако Берлин, как и Штеттин, совершенно не ожидал налета.
Всего до 5 сентября советские лётчики выполнили девять налётов на Берлин совершив в общей сложности 86 вылетов. 33 самолёта бомбили Берлин, сбросив на него 21 тонну бомб и вызвав в городе 32 пожара. 37 самолётов не смогли выйти к столице Германии и нанесли удары по другим городам. В общей сложности было израсходовано 311 фугасных и зажигательных бомб общим весом 36 050 кг. Были сброшены 34 агитбомбы с листовками. 16 самолётов по разным причинам были вынуждены прервать полёт и вернуться на аэродром. Во время осуществления налётов было потеряно 17 самолётов и 7 экипажей, причём два самолёта и один экипаж погибли на аэродроме при попытках взлететь с 1000-килограммовой и двумя 500-килограммовыми бомбами на внешних подвесках.
Бомбёжки Берлина в течение месяца сильно озаботил немцев. Гитлер требовал от своего командования:
Следует совместными усилиями соединений сухопутных войск, авиации и военно-морского флота ликвидировать военно-морские и военно-воздушные базы на островах Эзель и Даго, и в первую очередь — аэродромы, с которых производятся налёты на Берлин
После оставления Таллина и Моонзундского архипелага полёты на Берлин пришлось прекратить.