Свою историю Домодедовская таможня начала зимой 1989 года, когда был создан Домодедовский пост Шереметьевской таможни. Штатная численность поста тогда насчитывала всего 5 человек. В задачу поста входило осуществление таможенного оформления и таможенный контроль воинских перевозок, транзитных грузов и единичных рейсов при использовании аэропорта «Домодедово» в качестве запасного аэродрома. 13 мая 1994 года была создана таможня на базе Домодедовского поста со штатной численностью уже 120 человек.
В настоящее время в структуру таможни входят четыре поста: Аэропорт Домодедово (грузовой), Аэропорт Домодедово (пассажирский), Аэродром Раменское, Аэродром Чкаловский, должностные лица которых осуществляют контроль проведения таможенных операций в отношении товаров, перемещаемых физическими и юридическими лицами через таможенную границу Евразийского экономического союза, в регионе деятельности международных аэропортах Домодедово и Жуковский, а также аэродромах Чкаловский и Остафьево.
На сегодня штатная численность Домодедовской таможни составляет 822 единицы.
Залогом успешной работы должностных лиц таможни являются: высокий профессионализм, преданность любимому делу, добросовестный труд и стремление постоянно совершенствоваться. Благодаря этим качествам сотрудникам таможни удается достигать высоких показателей в правоохранительной деятельности.
Основной ценностью Домодедовской таможни является личный состав, который добросовестно несет службу и предан своему делу. Особенно хотелось поздравить ветеранов таможенной службы, которые остаются образцом высокого профессионализма и продолжают играть важную роль в передаче опыта молодому поколению таможенников.