История клуба начинается в 1996 году. Тогда руководство двух клубов из города Химки решило объединится и подать общую заявку на вступление в четвертый по силе дивизион страны. Однако, это соревнование все еще носило любительский характер. По итогу этого сезона было принято решение о создании юридического лица. Это первый шаг к созданию профессионального клуба. 30 января 1997 - это дата создания профессионального футбольного клуба "Химки". К 2000 году команда вошла в первый дивизион. Шла к этому успеху она без промедлений. Каждый сезон "Химки" повышались в классе. Правда, после повышения и до середины 00-ых команда играл очень нестабильно. На тот момент лучшим их достижением было 7 место. В 2004 году ФК "Химки" меняет руководство. Это добавило команде серьезности во всех сферах жизни клуба (все знали зачем пришли). От "верхов" до футболистов. Тогда в команду пришли: Андрей Тихонов, Роман Березовский и никому еще неизвестный Павел Погребняк. В сезоне 2005 года команда вышла в финал Ку