Аннигилус показал Бластару своё новое оружие - Супер-Адаптоида - мощного андроида Advanced Idea Mechanics, которого Аннигилус "нашёл" и перепрограммировал, но когда Ниглар, союзник Бластара, стал подозревать Аннигилуса и послал сигнал бедствия - Существо и Мстители откликнулись и победили злодеев. Аннигилус убил Ниглара, после чего Бластар украл Космический Жезл и покинул Аннигилуса. Будучи на исходе сил - Аннигилус проскользнул через портал на Землю, пока Фантастическая Четвёрка находилась в Негативной Зоне. Захватив в заложники Франклина и Алисию - он попытался соединить вселенную Земли с Негативной зоной, почти уничтожив обе. Сумев выжить в последовавшем конфликте, Аннигилус, в конце концов, с невольной помощью Бластара, вернул себе Космический Жезл.
Затем Аннигилус атаковал Асгард, родину скандинавских богов, которые частично попали в Отрицательную Зону в течение некоторого времени после того, как Радужный Мост был разрушен. Аннигилус сразил нескольких элитных гвардейцев Асгарда и даже победил могущественного Торбера, прежде чем окончательно пасть в битве с Одином, царём Асгарда. Позже, когда Один вступил в недельный "сон", чтобы восполнить свою божественную энергию - Аннигилус похитил его спящее тело и перенес его в Негативную Зону. Вскоре - он был обнаружен богом Хеймдалем и побежден Тором, который вернул Одина в Асгард.
После исследования сильного энергетического импульса в Негативной Зоне - Аннигилус и Бластар были заключены в тюрьму Существом из Фантастической Четвёрки, за порабощение циананцев и превращение их в свою личную армию. В конце концов, Аннигилус и его товарищи по плену сбежали и победили Существо, но Рид помог цианнанцам изолироваться от остальной части негативной зоны до того, как мстительный Аннигилус и Бластар смогли завоевать их. Вскоре после этого Аннигилус и Бластар объединились с другим военачальником Отрицательной Зоны - Сифоном, который создал Колесо Завоевателя, чтобы получить доступ во вселенную Земли. Во время противостояния с Адамом Уорлоком, Аннигилус и Бластар поняли, что Сифонн планировал предать их, поэтому они предали его первыми, заставив Сифона отступить, так как его Колесо Завоевателя было уничтожено союзниками Уорлока.
Застряв в мире негативной зоны из-за сбоя в прототипе космического транспортёра Рида - Фантастическая Четвёрка попала на борт чудовищного космического корабля Аннигилуса, но вскоре была обнаружена и вступила в жаркий бой с Аннигилусом внутри грузового трюма. Захватив управляющий стержень, Рид объединил свою технологию со своим космическим транспортом и открыл портал доступа, который позволил Фантастической Четвёрке покинуть космический корабль Аннигилуса. Позже - он столкнулся с большой неудачей, когда группа N-Эксплореров, финансируемая Gideon Trust для исследования и разграбления Негативной зоны - украла его Космический Жезл. Во время борьбы с разведчиками Аннигилус был обезглавлен и убит Хеллскаутом, потомком пуританских поселенцев 17 века, который на долгие века застрял в Негативной зоне. После смерти Аннигилуса его тело выпустило стручок с нимфоподобным клоном, обладающим его воспоминаниями. После созревания своего нового тела - Аннигилус проснулся от перерождения, но обнаружил, что Жезл пропал, а его империя - в руинах.
Когда Рид планировал новую сверхчеловеческую тюрьму в Негативной Зоне - Фантастическая Четвёрка была атакована Аннигилусом, который считал, что они украли его Космический Жезл. После короткой стычки, Фантастическая Четвёрка покорила его, только для того, чтобы он был атакован вторым Аннигилусом, который, по-видимому, также был порождён после смерти своего предшественника. Каждый считал себя истинным Аннигилусом, а противника - вором. Два Аннигилуса сражались друг с другом, позволяя Фантастической Четвёрке бежать.
Совсем недавно Аннигилус узнал, что наша вселенная позитивной материи постепенно расширяется в его Негативную Зону. Стремясь вернуть то, что он считал по праву принадлежащим ему, Аннигилус провёл большую часть своего флота Волны Аннигиляции через Кранч - энергетический всплеск, который отделяет вселенную положительной материи от её антивещественного аналога, оставляя после себя лишь небольшое количество единиц, чтобы сохранить контроль над своей империей Негативной Зоны.