Сезон 2011/2012 начался для «Балтики» неудачно, с первых туров клуб опустился в зону вылета и находился там почти всю первую половину первенства. В середине июля главным тренером был назначен Евгений Перевертайло. Судьба команды решалась в последнем туре в домашней встрече с прямым конкурентом в борьбе за выживание — оренбургским «Газовиком», в котором калининградцы победили со счётом 2:1, тем самым отправив «Газовик» во второй дивизион. Следующий сезон оказался самым успешным для команды за последние 14 лет. Балтийцы заняли 5-е место, оказавшись в шаге от стыковых матчей. Боеспособный коллектив впервые с 1999 года мог реально претендовать на выход в Премьер-Лигу. Но недостаточные финансовые возможности, не позволили команде бороться за первые места, и в сезоне 2013/2014 «Балтика» финишировала на 9 месте. В межсезонье команду покинула группа лидеров — Вотинов, Сысуев, Чиркин и Зимулька сменили клубы, но несмотря на кадровые потери, «Балтика» уверенно начала сезон, выдав беспроигрышную серию из семи матчей со второго по девятый тур. В дальнейшем с 7 по 20 тур была одержана всего одна победа. Основной проблемой являлась слабая атакующая линия — в 20 турах забито 17 мячей. В защите всего один раз в 20 турах «Балтика» пропустила больше двух мячей. В конце 2014 года у «Балтики» сменился тренер — команду возглавил Сергей Юран. Перед ним были поставлены две задачи — сохранить прописку в первом дивизионе в сезоне 2014/15, и вывести клуб в Премьер-лигу к 2017 или 2018 году. Задачу в сезоне 2014/2015 команда выполнила, в упорной борьбе сохранив место в ФНЛ. 16 июня 2015 Юран сообщил о том, что покидает «Балтику». После окончания сезона в клубе произошли серьезные изменения, в связи с осложнившейся финансовой обстановкой, клуб покинул главный тренер, а также практически все игроки, остались только девять человек. В межсезонье клуб пополнил ряд игроков, ранее выступавших за бело-синих, а также местные воспитанники и несколько перспективных игроков из других команд. Несмотря на серьезные кадровые потери и финансовые проблемы, команда удачно стартовала в сезоне 2015/2016, проведя первые шесть матчей без поражений, однако к середине сезона скатилась во вторую половину турнирной таблицы, а потерпев шесть поражений подряд в заключительных турах впервые после 2004 года должна была вылететь из ФНЛ, однако, благодаря ликвидации нижегородской «Волги», избежала перехода во второй дивизион. Большую часть сезона 2016/2017 «Балтика» провела в зоне вылета, однако в последних 14 турах 7 раз одержала победу при 4 ничьих и 3 поражениях, что позволило в последнем туре переместиться с 16 на спасительное 14 место. В следующем сезоне команду усилил ряд известных игроков, таких как участник Лиги чемпионов УЕФА и Лиги Европы УЕФА Максим Григорьев, бронзовый призёр Евро 2008 Дмитрий Торбинский, арендованный у Ростова Дмитрий Скопинцев, а также ивуарийский легионер Сенин Себаи. Калининградцы, под руководством Игоря Черевченко, были близки к завоеванию права участвовать в стыковых матчах, победитель которых в следующем сезоне выступает в Премьер-Лиге, однако, как и 5 лет назад команда заняла только 5 место. Сезон 2018/2019 «Балтика» закончила в зоне вылета на 16 месте, однако сохранила прописку в ФНЛ из-за отказа победителя зоны ПФЛ Восток ФК Сахалин от участия в следующем сезоне первенства ФНЛ
В сезоне 19-20 Балтийцы отлично выступают в ФНЛ, и на сезон 20-21 у Балтики поставлена цель выйти в РПЛ🤍💙