В поисках лекарства от нового штамма токсина Бэтмен обратился в больницу за антителом к нулевому пациенту, но обнаружил, что нулевой пациент - это Джо Чилл, убийца его родителей. Услышав много слухов от друзей и врагов, Бэтмен начал верить, что Джокер может быть бессмертным благодаря воздействию элемента Dionesium, компонента, найденного в ямах Лазаря.
К тому времени, как Бэтмен обнаружил легендарный бассейн Дионезиум, находившийся в системе Джокера, злодей нашел его и напал на него в туннелях. Они жестоко сражались до тех пор, пока оба не оказались рядом со смертью, а когда пещера обрушилась вокруг них, Брюс вытащил Джокера из лечебного бассейна, заставив его признать, что он не живёт веками, как он утверждал до этого. Вместе Бэтмен и Джокер умерли в той пещере.
Когда мёртвое тело Бэтмена было обнаружено в обломках обрушившейся пещеры, он внезапно очнулся, по-видимому, возрождённый Дионезиумом в яме пещеры. Альфред обнаружил, что возрождение имело глубокий эффект переделывания мозга Брюса с нуля - без воспоминаний о его прошлой жизни. Альфред рассказал ему все, что считал нужным, но скрыл тот факт, что Брюс был Бэтменом. Брюс - новый человек - всё равно не хотел этого знать. Позже он воссоединился с Джули Мэдисон и начал работать с ней в Центре юности Готэма Люциуса Фокса.
Увидев своими глазами, насколько ужасны были последствия атак нового суперзлодея мистера Блума - Брюс решил вновь стать Бэтменом. Несмотря на усилия Альфреда - Брюс прошел мимо него в Бэт-пещеру и обнаружил устройство, созданное его прежним "я", чтобы создать клонов, у которых будут все навыки и воспоминания о Бэтмене. С помощью этого устройства Брюс вернул свои воспоминания и, наконец, вернулся к роли, которая убивала его раньше. Вновь вернувшийся герой столкнулся с мистером Блумом и одержал победу, после чего титул Бэтмена был возвращён Брюсу его обладателем на тот момент - Джимом Гордоном.
Я - Готэм, я - суицид, я - Бэйн
Восстановив себя в качестве защитника Готэма, Бэтмен был встречен двумя новыми сверхмощными героями - Готэмом и Девушкой Готэма, которым он начал доверять, службу городу. Однако вскоре эти два новичка стали жертвами изменчивого разума злодея Психо-Пирата, работавшего под руководством Хьюго Стренджа. Позже Бэтмен обнаружил, что оба мужчины были завербованы Амандой Уоллер, чтобы остановить преступность в Готэм-Сити, но Стрендж предал эту миссию. Психопират вверг Готэм в ярость, заставив его убивать преступников в попытке предотвратить преступление, и в то же время превратив девушку из Готэма в нервную катастрофу. С помощью Лиги Справедливости Бэтмен смог сдержать Готэм, но чрезмерная сила убила его.
Бэтмен, желая найти Психопирата, чтобы заставить его исправить Девушку из Готэма, обнаружил, что он сбежал в чужую страну Санта Приска и находился под защитой Бэйна. Чтобы вернуть Пирата, Бэтмен был воодушевлён Уоллером собрать команду, которая была практически "самоубийственной". Он завербовал несколько злодеев из Аркхема: Чревовещателя, Бронзового Тигра, Панча и Ювелирку, и, наконец, Женщину-кошку, удерживаемую по 237 пунктам обвинения в убийстве. Миссия прошла успешно; Бэтмен и его команда сбежали вместе с Психопиратом и оставили Бэйна избитым. Брюс позже обнаружил, что Селина взяла на себя вину за убийства, чтобы защитить свою подругу Холли Робинсон, которая на самом деле совершила убийства. Она знала, что если она возьмет вину на себя, Бэтмен никогда не даст ей умереть в камере смертников, и жизнь Холли будет спасена.
Бэйн вернулся в Готэм, чтобы отомстить Бэтмену за то, что он унизил его. Он сражался и победил десятки жуликов Бэтмена в Аркхемской психушке, чтобы добраться до Бэтмена, что завершилось дракой между ними. Брюс одержал победу, хотя и с трудом.
После того, как Лига Справедливости была вынуждена объединиться с Отрядом Самоубийц, чтобы отразить гнусный заговор Максвелла Лорда, Бэтмен завербовал собрание героев и злодеев, которое, как он считал, могло бы принести пользу для формирования новой Лиги Справедливости Америки.