Первый сезон провёл под названием СУО во второй лиге первенства России. В 1994–1997 годах выступал в третьей лиге. Затем потерял профессиональный статус и выступал в любительских соревнованиях, в том числе в первенстве КФК (1998—2003, 2005, 2007—2011/12) и Кубке России среди ЛФК.
С сезона-2014/15 был воссоздан профессиональный клуб. В сезонах-2014/15, 2015/16 и 2016/17 команда выступала в зоне (группе) «Центр» первенства ПФЛ. В сезоне-2017/18 выступала в группе «Запад», домашние матчи проводила на стадионе «Арена Чертаново» (ранее играла на стадионах «Планета» (Подольск), «Янтарь» в Строгине и «Октябрь» в Москве).
Лучшее достижение в первенстве России — 5-е место в первенстве ФНЛ (сезон-2018/19). Лучшее достижение в Кубке России — выход в 1/32 финала (2017/18, 2018/19).
Три раза принимал участие в Кубке ФНЛ: 2016, 2017 (финалист), 2018.
В 2018 году «Чертаново» стало самой молодой командой, которой удалось пробиться в ФНЛ — средний возраст игроков меньше 19 лет. В связи с высокой арендной платой ближайших к «Арене Чертаново» стадионов «Труд» (Подольск) и имени Эдуарда Стрельцова домашние матчи с сезона-2018/19 команда проводит на стадионах «Авангард» в Домодедове, Спортивном городке в Лужниках и «Сапсан Арена» в Москве. В дальнейшем планируется переход на «Арену Чертаново», которая вследствие реконструкции должна вмещать больше зрителей или БСА «Лужники» (в случае выхода в Премьер-лигу).
В 1993—1994 годах, а также с сезона-2014 молодёжная команда «Чертанова» («Чертаново-М») выступала в Первенстве России среди любительских футбольных клубов (третьем дивизионе), зона «Москва» (МРО «Центр»). После выхода первой команды в ФНЛ на сезон-2018/19 она снялась с первенства третьего дивизиона-2018 и заявилась в группу «Запад» Первенства ПФЛ-2018/19, как вторая команда клуба («Чертаново-2»)
Команда ФНЛ борется за выход в РПЛ, преимущество свои молодые, перспективные игроки💙з самых лучших в России, они играют своими воспитанниками в ФНЛ, ПФЛ
Команда ФНЛ борется за выход в РПЛ, преимущество - свои молодые, перспективные игроки💙🤍