В 2008 году последовал вылет из первого дивизиона ПФЛ и уход группы ведущих футболистов. В начале 2009 года появилась информация о возможном объединении «Торпедо» и футбольного клуба «Торпедо-РГ», выступавшего в зоне «Запад» Второго дивизиона. Поскольку все детали были согласованы, новый владелец «Торпедо» Александр Тукманов отзаявил свою команду из числа участников Второго дивизиона[2]. Однако в последний момент между сторонами возникли некие разногласия, и объединение двух команд сорвалось. К тому моменту все сроки на повторное внесение заявки в ПФЛ были пропущены. В итоге из-за досадной организационной накладки команда временно лишилась профессионального статуса. В 2009 году «Торпедо» уверенно выиграло Первенство России среди ЛФК (третий дивизион) в группе «А» зоны «Москва» и вернуло себе статус профессионального футбольного клуба.
7 декабря 2009 года был подписан контракт с новым главным тренером Сергеем Павловым. Однако из-за разногласий с руководством он оставил пост, не проработав в итоге и года. 15 августа 2010 года главным тренером чёрно-белых стал Игорь Чугайнов — начинающий специалист и торпедовский воспитанник. 30 октября 2010 года «Торпедо» дома выиграло ключевой матч у «Губкина» и вышло в Первенство Футбольной национальной лиги. В сезоне 2011/12 годов «Торпедо» заняло итоговое восьмое место. 5 апреля 2012 года Игорь Чугайнов был отстранён от руководства командой. Исполняющим обязанности главного тренера (а затем и главным тренером) стал Михаил Белов, работавший до этого помощником Чугайнова. 22 ноября 2012 года после отставки Белова у руля команды встал Борис Игнатьев. В сезоне 2012/13 годов «Торпедо» едва избежало вылета во второй дивизион. По окончании чемпионата был снова сменён главный тренер — вместо Игнатьева пришёл 42-летний Владимир Казаков, в своё время игравший в «Торпедо». Были приобретены несколько футболистов, имеющих опыт выступления на высшем уровне. Однако за 6 первых туров «автозаводцы» смогли набрать лишь 2 очка, Казаков взял вину на себя и подал в отставку.
5 сентября 2013 года команду возглавил Александр Генрихович Бородюк. При нём «Торпедо» начало прогрессировать и по итогам сезона 2013/14 заняло третье место в чемпионате ФНЛ, обеспечив себе участие в стыковых матчах за право играть в Премьер-лиге. Первый стыковой матч с 14-й командой РФПЛ — самарскими «Крыльями Советов» — состоялся 18 мая 2014 года на стадионе в подмосковном Раменском и закончился со счётом 2:0 в пользу чёрно-белых. 22 мая 2014 года «Торпедо» сыграло вничью 0:0 в ответной игре и по сумме двух матчей вернулось в Премьер-лигу спустя 8 лет[3].
Сезон 2014/2015 начался для «Торпедо» очень неудачно. В первом туре клуб потерпел поражение 1:4 от ЦСКА, а во втором — разгром от «Зенита» 1:8. К зимнему перерыву команда занимала 12 место (вне зоны вылета и переходных матчей). Для улучшения результатов команды «Торпедо» решило выставить на трансфер шесть игроков[4], в том числе нападающих Сергея Давыдова и Игоря Шевченко, которые за первую половину чемпионата не забили ни одного гола, и пригласить на их место новых игроков атаки — Зенёва[5], Базелюка[6] и Смарасона[7].
По итогам сезона 2014/15 «Торпедо» заняло предпоследнее — 15-е место в РФПЛ — и выбыло в ФНЛ. 23 июня 2015 года президент клуба Александр Тукманов сообщил, что «Торпедо» не выступит в первенстве ФНЛ нового сезона[8], а долги клуба, со слов Тукманова, составляют около 220—230 млн рублей[9]. В итоге из-за продолжающихся проблем с финансированием, клуб не подал заявку для участия в ФНЛ на сезон[10]. Также руководство завода ЗИЛ сообщило о готовности спонсировать клуб для участия в ПФЛ[11]. 3 июля 2015 года «Торпедо» подало документы на участие в зоне «Центр» второго дивизиона[12]. После трёх матчей в ПФЛ стало известно, что клуб может сняться с розыгрыша ПФЛ[13], а РФС запретил клубу регистрировать новых футболистов[14]. 5 мая 2016 года Виктор Булатов возглавил московское «Торпедо»[15]. В июле 2016 года клуб получил лицензию на выступление в ПФЛ[16]. К зимнему перерыву сезона 2016/2017 клуб занимал 4 место в зоне «Центр».
В сентябре 2017 года московский клуб «Торпедо» у ЗИЛа выкупил бизнесмен Роман Авдеев[17] — владелец концерна «Россиум». Новым собственником клуба стал «МКБ-капитал», основная часть акций которого принадлежит «Россиуму». Также концерн является собственником стадиона имени Эдуарда Стрельцова, где «Торпедо» в сезоне-2017/18 провело два домашних матча. В конце декабря Александр Тукманов покинул пост президента клуба
Возращение в ФНЛ
В сезоне 2018-2019 «Торпедо» стало чемпионом зоны «Центр», и за тур до окончания первенства, обыграв дома раменский «Сатурн» (4:1), оформило себе выход в ФНЛ. При этом команда показала 21-матчевую беспроигрышную серию, ставшую рекордной для ПФЛ. Первый гол в сезоне-2019/20 забил Иван Сергеев на 81-ой минуте в ворота «Факела» (1-0)
Сейчас команда борется за выход в РПЛ, тем более с Игнашевичем, у которого есть опыт, команда поборется и составит конкуренцию💚🖤