В сезоне 2009 «Химки» смогли одержать первую победу лишь в 13-м туре, обыграв на своём поле ФК «Сатурн» Раменское со счётом 1:0. Вторая и последняя победа была одержана спустя два тура, где со счётом 2:0 «Химки» обыграли «Амкар». После крупного поражения от московского «Спартака» 24 октября «Химки» потеряли шансы на спасение от вылета из премьер-лиги, причём сама команда проиграла все 15 матчей второго круга чемпионата.
Следующий сезон команда провела в ФНЛ, где смогла занять лишь 13-е место. В сезоне 2011/12 команда повторила этот же результат. Третий сезон пребывания в ФНЛ стал для команды последним — она вылетела во Второй дивизион, заняв 16-е место. В сезоне 2013/14 года перед командой была поставлена задача возвращения в ФНЛ, однако из-за незапланированных потерь очков красно-черные заняли лишь третье, не дающее права на повышение в классе, место в зоне «Запад» Второго дивизиона, пропустив вперёд «Тосно» из Ленинградской области и ивановский «Текстильщик». Аналогичная ситуация произошла и в сезоне 2014/15 — на этот раз в ФНЛ вышли фарм-клубы команд из РПЛ — «Спартак-2» и «Зенит-2», а третье место занял клуб «Строгино». В сезоне 2015/16 «Химки» за несколько туров до конца первенства обеспечили себе первое место в зоне «Запад», а вместе с ним и выход в ФНЛ[11]. Клуб поставил перед собой цель — выход в РФПЛ за один сезон в ФНЛ[12]. Выйдя в ФНЛ клуб, клуб за высокие места не боролся (11-е место в сезоне 2016/17, 13-е — 2017/18)[13], продолжал регулярно менять тренеров — 10 апреля 2019 года заступивший на пост главного тренера Андрей Талалаев стал уже шестым за этот период. Генеральный директор клуба Василий Иванов в марте 2019 года заявил, что в сезоне-2019/20 будет поставлена задача выйти в Премьер-лигу[14], однако в начале 2020 года стало известно о смене вектора развития клуба (ставка будет сделана на воспитанников футбольных школ Московской области), и Талалаев покинул клуб[15]. Главным тренером стал Сергей Юран, ранее уже возглавлявший команду
Достижения
ФНЛ - Победитель 2006 , Серебряный призер 2020
ПФЛ - Победитель 2015-2016, Бронзовый призер 2013-2014
Кубок ФНЛ - Победитель 2020
Сейчас Химки борятся за выход в РПЛ, где они не были с 2009 года, болельщики очень ждут свой родной клуб в Премьер-Лиге💛🖤