Многие первые заболевшие имели отношение к рынку Уханя, на котором продаются морепродукты, а также птицы, змеи, летучие мыши и сельскохозяйственные животные. Предполагалось, что у вируса именно после мутации в организме животного появилась возможность заражать человека.
Поначалу считалось, что источником заражения были морепродукты (но эта версия была крайне сомнительной, поскольку болезнь начинается с пневмонии, что означает, что речь идёт о воздушном пути передачи). Позднее эксперты пришли к выводу, что SARS-CoV-2, по-видимому, является гибридом коронавируса, обнаруженного у летучих мышей, и другого коронавируса неизвестного происхождения. На следующем этапе исследователи обнаружили, что вирус, вероятно, передался людям от змей. Нобелевский лауреат Люк Монтанье, в последнее время известный своими антинаучными заявлениями, высказал предположение об искусственном происхождении вируса, связав его с возможной вакциной против СПИДа