Мальчик родился 26 октября 1888 года в крестьянской семье из Гуляйполе. Отец Иван Родионович Махно, мать Евдокия Матвеевна Махно. У Нестора была сестра Елена и четыре брата. Савелий - убили белые. Поликарп - убит гайдамаками гетмана Скоропадского. Григорий был убит красными. Емельян погиб на войне 1915 года. Отец умер когда Нестору было один год от роду. Воспитание получал от мамы, сестры и братьев. Детство было совсем не простое, с малых лет приходилось работать у помещиков и зажиточных крестьян на сельскохозяйственных угодьях. В училище Гуляйполе получил двухклассное образование. В конце 1906 года за незаконное хранение оружия был арестован, но в скоре освобожден. Через год по обвинению в покушении на жизнь стражников был заточен в Александровскую тюрьму. В 1908 был был арестован за убийство чиновника военной управы. В 1910 году был приговорен к смертной казни через повешение, но в скором времени приговор изменили на без срочную каторгу и был переведен в Москву к уютам Бутырской тюр