6 мая 1993 года в структуре Управления на транспорте МВД России по Дальневосточному федеральному округу был создан отряд милиции особого назначения. Первым командиром отряда был назначен майор милиции Виктор Филиппов.
Начиная с 1996 года, личный состав отряда более 20 раз выезжал в служебные командировки в Северо-Кавказский регион. Более 50 сотрудников дальневосточного ОМОН на транспорте удостоены государственных наград за мужество, проявленное при выполнении служебно-боевых задач на Северном Кавказе. Звания Героя Российской Федерации (посмертно) удостоены лейтенант милиции Николай Виноградов и старший сержант милиции Виталий Бугаёв, орденом Мужества (посмертно) награждён прапорщик милиции Дмитрий Пугачёв.
В 2016 году ОМОН (на транспорте) вошёл в структуру Управления Росгвардии по Хабаровскому краю. Сегодня сотрудники отряда успешно выполняют задачи по силовому сопровождению мероприятий, направленных на предупреждение и пресечение преступных действий в сфере незаконного оборота наркотиков, лесных и водных биоресурсов, несут службу по охране общественного порядка и обеспечению общественной безопасности на объектах транспортной инфраструктуры и транспортных магистралях Дальневосточного федерального округа.
В активе отряда успешное выполнение задач по обеспечению безопасности во время проведения Восточного экономического форума во Владивостоке и международных спортивных игр «Дети Азии» на Сахалине. В настоящее время отряд возглавляет опытный офицер полковник полиции Константин Христинин. Под его руководством несёт службу высокопрофессиональный, сплоченный коллектив. Большинство из сотрудников служат в элитном подразделении уже много лет и с честью выполняют свой служебный долг, защищают права и законные интересы граждан.