В жизни Микеланджело не знал нежной ласки и участия, и это отразилось, в свою очередь, на его характере. «Искусство ревниво, — говорил он, — и требует всего человека. Я имею супругу, которой весь принадлежу, и мои дети — это мои произведения». Большим умом и врожденным тактом должна была обладать та женщина, которая бы поняла Микеланджело.
И в 60 лет он встретил такую. Это была Виттория Колонна — внучка герцога Урбанского и вдова знаменитого полководца маркиза де Пескара. Виттория интересовалась наукой, философией, вопросами религии и была знаменитой поэтессой эпохи Возрождения. Они общались более 10 лет, обменивались стихами. Асканио Кондиви об отношениях Микеланджело и Виттории пишет: «Особенно велика была любовь, которую он питал к маркизе де Пескара, влюбившись в ее божественный дух и получив от нее безумную ответную любовь...» Однако это была любовь совершенно иного порядка, нежели между мужчиной и женщиной, и разительно отличалась от чувств Микеланджело к… мужчинам.
При жизни ориентация Микеланджело трактовалась двояко. Сатирик и публицист Пьетро Аретино писал: «Хоть талант твой божественный, к мужскому полу ты неравнодушен». «Я падаю, Господи, и сознаю мое падение. Я подобен человеку, которого сжигает пламя, который несет в себе огонь, чья боль увеличивается по мере того, как мельчает разум, уже почти побежденный его жертвой. Остается лишь усиленно питать мое пылкое желание не омрачить твой прекрасный безмятежный лик. Я больше не могу, ты отобрал тормоз из моих рук, и душа моя смелеет в своем отчаянии», — писал в одной из своих поэм Буонарроти. На удивление, поэма была посвящена мужчине — Томмазо де Кавальери.
«Церковь эпохи Возрождения трактовала гомосексуализм весьма двусмысленно. Микеланджело перед смертью уничтожил свои рисунки, письма и поэмы, желая, кроме прочего, удалить следы своей гомосексуальности, которую никак не хотел признавать. Но смирился ли он со своим влечением к юношам и была ли у него возможность экспериментировать с этим достаточно продолжительное время, чтобы сформировалась настоящая склонность?» — пишет биограф Буонаротти Надин Сотель.
Некоторые исследователи таланта Буонарроти считают, что его отступление от общепринятых норм и есть проявление нетрадиционной ориентации гения, и об этом свидетельствуют те самые обнаженные тела на фресках, изображение целующихся мужчин и многое другое. Все это, скорее всего, и пытались скрыть власти католической церкви. Из двух зол (протестантизм и гомосексуализм) папство выбрало меньшее, обвинив Микеланджело в протестантизме.
Умирая, Микеланджело оставил краткое завещание. «Я отдаю душу Богу, тело земле, имущество родным», — продиктовал он друзьям. Буонарроти умер 18 февраля 1564 года. Тело его было погребено в церкви Санта-Кроче во Флоренции.