Главным героем мультфильма выступает в этот раз Майлз Моралес, который как и Питер Паркер приобретает способности через укус радиоактивного паука.
После, он попадает на секретную лабораторию где Амбал создаёт устройство для открытия порталов в параллельные реальности.
Моралес видит сражения оригинального Человека-Паука (Питера Паркера) с Зелёным Гоблином.
В итоге Фиск убивает Паркера, но тот перед смертью успевает передать флешку главному герою, с её помощью можно обезвредить устройство, ибо в следующий раз от этой машины пострадает весь город.
В ходе сюжета Майлз сам пытается освоиться в роли Человека-Паука, и попутно к нему присоединяются другие Люди-Пауки из других реальностей среди которых помимо него и Питера Паркера из альтернативной вселенной .