После смерти Годунова молодого царя Федора и его мать убили соратники Лжедмитрия. А дочь Годунова Ксения оказалась у самозванца в наложницах.
Царь Борис скончался в ту пору, когда на горизонте уже маячил самозванец, называвший себя выжившим царевичем Дмитрием. Ситуация осложнялась тем, что многие готовы были принять на веру слова лженаследника престола.
Преемником почившего государя оказался его сын Федор, который, впрочем, так и не был венчан на царство. Его правление стало одним из рекордных в отечественной истории — правда, не по долготе, а по краткости. Федор был юношей неглупым и образованным, интересовался науками. Особенно его привлекала картография. Николай Михайлович Карамзин даже называл сына Бориса Годунова «первым плодом европейского воспитания в России».
В противостоянии Лжедмитрию юный царь потерпел крах: 1 июня 1605 года Федор, его мать царица Мария Григорьевна и сестра Ксения были арестованы. В тот же день новым царем провозгласили самозванца (к слову, он, в отличие от Федора, все же будет венчан на царство). Спустя десять дней низложенного царя и его мать убили — судя по всему, они были задушены. Однако народу эти события были преподнесены в другой интерпретации: официальная версия гласила, что жена и сын Бориса Годунова наложили на себя руки.
Иная участь постигла Ксению, сестру Федора. «А бдительно охраняемую девицу, он, после своего вступления в город, как рабу, без всякого царского чина, с ласковым принуждением вывел из царского дворца и в частном доме угождавшего ему и приближенного к нему нового вельможи, без её согласия, срезал, как недозрелый колос, — одел в монашеские одежды. И было бы удивительно, если не было ей чего-либо тайно-оскорбительного от отступника», — рассказывал во «Временнике» дьяк Иван Тимофеев.
Лишь в ноябре 1605 года Лжедмитрий принял решение отправить Ксению в монастырь. Народная молва утверждала, что в монастыре Ксения — в иночестве Ольга — родила от самозванца ребенка.