Риннеган ( "Глаз Сансары") считается наиболее величественным из "Трех Великих Доудзюцу, к которым также принадлежат Бьякуган и Шаринган. Утверждается, что в смутные времена, тот, кто владеет Риннеганом, послан с небес, чтобы стать "Богом Творения", который установит в мире равновесие, или же "Богом Разрушения", который сведет всё в ничто. Риннеган отличает пурпурный узор, похожий на рябь на воде, который распространяется по всему глазному яблоку.
Впервые, Риннеган в мире шиноби был пробуждён Хагоромо Ооцуцуки как доудзюцу, происходящее от Ринне Шарингана его матери. Предполагается, что его Риннеган был Кеккей Морой, и с помощью него, он спас мир от Десятихвостого и создал ниншуу, предтечу современного ниндзюцу. В аниме, испытав боль потери, Хагоромо пробудил Мангекьё Шаринган, который мгновенно развился и стал Риннеганом. За свои деяния в мире, Хагоромо стал почитаться как Мудрец Шести Путей, поэтому как он, так и его глаза обрели легендарный статус в течение последующих столетий; даже когда существование Риннегана было доказано, всё равно, некоторые считали его не более, чем мутацией.
Обычно, Риннеган можно пробудить при обретении чакры Хагоромо, либо воссоздав её слиянием чакры его сыновей, Индры и Асуры, либо получив её от самого Хагоромо. Чёрный Зецу провел долгие столетия в попытках манипулировать реинкарнациями Индры и Асуры, чтобы кто-то из них возродил Риннеган. Однако, только во времена Мадары Учихи — реинкарнации Индры — этого наконец удалось достичь, когда тот пересадил себе ДНК Хаширамы Сенджу — реинкарнации Асуры. Тем не менее, Шаринган Мадары не стал Риннеганом, пока не прошло несколько десятилетий, только ближе к концу его жизни; также, это восстановило зрение его правого глаза, которое было утеряно при использовании Изанаги.
Левый Шаринган Саске Учихи обратился в Риннеган, когда дух Хагоромо одарил того половиной своей чакры. Его Риннеган содержит шесть томоэ, разделённые между двумя первыми его кругами. Если запасы чакры Саске падают до определённого уровня, томоэ исчезают, и Риннеган выглядит как стандартный.
Риннеган дарует пользователю широкий спектр способностей без каких-либо известных затрат чакры на его поддержку. Некоторые способности доступны только оригинальному владельцу доудзюцу, но при обладании даже одним пересаженным Риннеганом, можно обрести ошеломляющую мощь. Риннеган способен видеть чакру, её поток внутри тела и, как минимум, активированные тенкецу Восьми Врат, но не в состоянии видеть сквозь препятствия, такие как дымовые бомбы. Тот, кто владеет Риннеганом, с легкостью может обучиться любой технике, а также всем пяти природным трансформациям, создавать чёрные приёмники, через которые способен передавать свою чакру, полностью расшифровать каменную плиту, написанную Хагоромо, и противостоять эффектам Бесконечного Цукуёми.
Некоторые способности Риннегана проявлял только один его владелец: Мадара мог создавать материальные тени в невидимом мире Лимбо, который является видимым только для Риннегана; Риннеган Саске позволяет ему перемещать себя и других в границах определённого радиуса и открывать порталы в другие измерения; Момошики был способен поглощать любое ниндзюцу правым Риннеганом и впоследствии использовать их в усиленном виде, а также обращать других в плоды из чакры.
Риннеган Саске содержит несколько наук, применяемых к нему, и одной их них является распознавание образов. Она помогает ему анализировать образы внутри кодов и, сравнивая их с похожими образами, расшифровывать написанное. На практике это означает, что возможно получить большие объёмы информации из небольшого количества текста.