После вывода советских войск из Афганистана многие военные эксперты на Западе ожидали быстрого падения режима Наджибуллы, однако, этого не произошло. К этому времени (1989 год) афганская армия насчитывала около 150 тыс. чел. и на ее вооружении находилось около 1500 танков, 800 БТР, 4 880 арт. систем, 126 боевых самолетов и 14 вертолетов. Полагая, что правительственные силы, деморализованные выводом советских подразделений, будут неспособны выдержать удар, группировка моджахедов численностью до 10 тыс. человек при поддержке ранее захваченных танков Т-55 попыталась захватить Джелалабад и разместить там «Временное правительство Афганистана». В ходе массированной атаки 5 марта 1989 года боевики захватили деревню Самаркел и аэродром, но большего достичь не смогли. Правительственные войска нанесли мощные удары по позициям противника с помощью авиации и оперативно-тактических ракет. К середине июля, потеряв только убитыми около 3 тыс. чел. отряды оппозиции отступили на территорию Пакистана. В апреле 1990 года правительственные войска под командованием А.Р. Дустума захватили укрепленный комплекс в Пагмане. Одновременно с этим обострились отношения между лидером пуштунских моджахедов Гульбеддином Хекматияром и Ахмад Шах Масудом. Казалось, что ситуация складывается в пользу кабульских властей, однако, распад СССР и резкое прекращение военной помощи, особенно боеприпасами и топливом, привели к парализации силовых структур и потери контроля над большей частью территорий страны. 27 апреля 1992 г. генерал Дустум со своими частями сдал столицу, допустив туда отряды Ахмад Шах Масуда. Президент Наджибулла вынужден был укрыться в миссии ООН в Кабуле.