Продолжительное время Наполеон не успевал настигнуть мамлюков (захватчики власти в Египте). Их нападения всегда были неожиданными, почти во всех случаях армия не была готова отразить атаку, мгновенное нападение и снова скрываются за чертой горизонта.
Долгожданное открытое сражение произошло в середине июля 1798 года, решение встретиться с французами в честном бою оказалось напрасным. Битва развернулась неподалеку от селения «Эмбабе», французская армия разбила мамелюков.
Одержав победу Наполеон принимает решение вернуться в Каир, по приезду все свое внимание отдал на организацию управления новыми землями.
Только представьте, сколько власти перед целым Египтом принадлежало французским начальникам горизонтов, вместе с ними действовал «Диван», обладающий властью и значительным состоянием египтянин.
Многие Бейи (тюркские вожди) просто бежали из страны, опасаясь расправы, о каждом из них были уведомлены французы. Составили и навели порядки в сборах податей с египтян, начались поставки в армия французов, организован надзор за торговлей и собственностью частных людей.
Неприкосновенным оставались лишь духовенства Египта, для них издали указ о полной неприкосновенности.
В походе Наполеона сопровождала не только армия солдат, еще и армия ученых (если так можно сказать). Образованные люди, имеющие четко поставленную цель «изучение истории Египта». Их знания были дороже золота для Бонапарта.
Во время нападения мамлюков Наполеон приказывал размещать всех ученых в центре «каре», одно из самых безопасных мест во время сражений. Благодаря тщательному изучению Египтология имела мощнейшие толчок в развитии, некоторые открытия, сделанные в то время, удивляют человека и по сей день.