Для Молдавии город Бендеры всегда был большим, чем просто точкой на карте. Главный порт на Днестре, удобный пункт для защиты и контроля над междуречьем Днестра и Прута, всегда привлекал к себе повышенное внимание, поэтому нет ничего удивительного в том, что в XVI веке на этом месте была построена первоклассная крепость, правда, сделали это далеко не хозяева этих мест.
Строительство Бендерской крепости начали турки в 1538 году, сразу после окончательного завоевания Молдавского княжества. Для строительства крепости турецкий зодчий Мимар Синан выбрал бывшую молдавскую таможенную заставу в Бендерах, где, пользуясь природными достоинствами местности, смог построить крепость нового, бастионного типа.
Бендерская крепость состояла из цитадели, верхней и нижней частей, а также посада, опоясанных земляными валами, причём роль цитадели играл замок, построенный ещё в XIII веке генуэзцами как передовой форпост их колониальной империи. Что касается верхней и нижней частей Бендерской крепости, то, хотя они и были обнесены валами бастионного типа, так как сама бастионная фортификация находилась в процессе становления, архитектура Бендерской крепости имеет много архаичных черт, таких, как наличие башен (в нижней части крепости их 3), позволявших как можно раньше заметить противника. Общая площадь крепости - 67 гектаров, на которых разместились казармы, склады и прочие хозяйственные постройки, а снаружи крепость, помимо валов, опоясывал сухой ров глубиной 5 метров.
С самого начала Бендерской крепости была уготована роль гаранта турецкой власти в Молдавии и Причерноморье и плацдарма для дальнейших завоеваний в северном направлении и молдаване, как никто другой, это понимали. Зимой 1540 года молдавская армия под предводительством господаря Александра Корня осадила Бендерскую крепость, но овладеть ею не смогла. В 1574 году господарь Ион Воде Лютый вместе с запорожскими казаками гетмана Ивана Свирговского после взятия Бухареста осадил Бендерскую крепость. Молдавско-казацкое войско быстро заняло посад, но стены крепости устояли. Из-за усталости войска господарь организовал лагерь на господствующей высоте к северо-западу от крепости, но новый штурм молдавское войско не начало, так как из Аккермана прибыло большое турецкое подкрепление. Ион Водэ разгромил врага, но турецкий султан велел крымскому хану собрать войско и двинуться к Дунаю. Узнав об этом Ион Водэ снял осаду с Бендер.
Несмотря на неудачу штурма крепости, она получила серьёзные повреждения и в 1584 году по приказу турок молдоване сами отремонтировали свою надсмотрщицу. Опасность для Бендерской крепости исходила и со стороны запорожских казаков, для которых, как и для молдован, она была приемлема только в виде руин. В 1594 году запорожские казаки во главе с гетманами Григорием Лободой и Северином Наливайко пытались захватить крепость, посад снова был сожжён дотла, но крепостью овладеть не удалось. В дальнейшем запорожцы весь XVII век предпринимали многочисленные попытки взять Бендерскую крепость, но все они оказывались безуспешны ввиду малочисленности осаждающих и слабости артиллерии.
В 1709 году Бендерская крепость стала конечным пунктом похода короля Карла XII на Россию, куда он бежал с остатками своей армии после разгрома под Полтавой. В Бендеры вслед за Карлом XII удрал и гетман Иван Мазепа, который здесь и скончался. Ставший после его смерти гетманом войсковой писарь Филипп Орлик именно в Бендерах опубликовал свою "Конституцию", в которой задолго до Шарля Монтексье был изложен принцип разделения властей на законодательную, исполнительную и судебную. В 1713 году в окрестностях Бендер произошло сражение между турками и шведами, которых первые попытались было взять в заложники. В результате сражения Бендерская крепость в первый раз в своей истории была взята и сожжена дотла.
С началом русско-турецких войн Бендерская крепость стала их главным действующим лицом. В 1738 году Бендерскую крепость осаждал русский полководец Бурхард-Христофор Миних, но успеха не добился, тем не менее, эта осада вошла в историю, так как в ней принимал участие бравый кирасирский поручик Карл-Иероним фон Мюнхгаузен, который летал над Бендерами верхом на пушечных ядрах.
В июле—сентябре 1770 года 33-тысячная русская армия под командованием графа Петра Ивановича Панина осадила Бендерскую крепость, которую защищал 18-тысячный турецкий гарнизон. В ночь с 15 на 16 сентября 1770 года после двухмесячной осады русская армия начала штурм крепости. Тем, кто взберётся на вал первым, была обещана награда: офицерам — чин через одну ступень, а солдатам по 100 целковых. Атака началась со взрыва «глоб де компрессион» (букв. «сдавленный шар») весом 400 пудов пороха. Крепость была взята после тяжёлого и кровопролитного рукопашного боя, причём внутри крепости бои шли практически за каждый дом. Турок было убито 5 тысяч человек, 2 тысячи — взяты в плен, 2 тысячи разбежались. Русские потеряли во время приступа более одной пятой всей армии (свыше 6 тысяч человек). Штурм Бендер стал для России самым кровавым сражением в русско-турецкой войне 1768-1774 годов. Взятие Бендер не было рядовой победой, а нанесло тяжёлый удар по турецкой армии, турки даже объявили трёхдневный траур по этому поводу. После падения Бендер Днестровско-Прутское междуречье перешло под контроль русских войск. При штурме Бендер отличились многие русские воины и среди - донской казак Емельян Пугачёв, получивший за Бендеры чин хорунжего.
По Кючук-Каранджийскому миру 1774 года Россия была вынуждена оставить Бендеры, но не идею ими овладеть, благо турки больше не желали крови и оставляли Бендерскую крепость без боя, а в 1806 году Бендерскую крепость просто купили. После этого в крепости дислоцировались воинские части Российской империи, Румынии и СССР, а с 1992 года министерство внутренних дел Приднестровской Молдавской Республики проводит в Бендерской крепости, в которой открыт музей, реставрационные работы.