Фенотипические данные, обычно генерируемые в программе разведения, и маркеры SNP были признаны полезными для прогнозирования генотипических значений других кандидатов . Такие прогнозы обычно делаются с помощью GBLUP, в котором маркеры SNP используются для оценки родства между людьми, или с помощью такого подхода, как регрессия гребня - лучшее линейное непредвзятое прогнозирование (RR-BLUP), в котором эффекты каждого маркера SNP рассчитывают из набора родственных лиц . Подходы GBLUP и RR – BLUP эквивалентны, когда число QTL велико, нет значительных QTL, и QTL равномерно распределены по геному . Учитывая, что GBLUP был разработан более четверти века назад , и почти 20 лет назад был предложен общий прогноз генома с помощью моделей RR – BLUP или байесовской , мы должны рассмотреть оба подхода для прогнозирования генотипической ценности как старый.
Старый: продолжить поиск основных QTL
Основные аллели QTL, такие как Fhb1 для устойчивости к гниению головы у Fusarium у пшеницы Anderson и Sub1 для устойчивости к затоплению у риса Septiningsin, будут по-прежнему полезны при разработке сорта. Основной QTL имеет достаточно большой и последовательный эффект, чтобы быть значимым в программе разведения, что подразумевает, что QTL может рассматриваться как основной в одной программе разведения, но не в другой . Основные QTL могут присутствовать для таких признаков, как морфология, фенология и толерантность к биотическим и абиотическим стрессам, но, вероятно, отсутствуют для высоко отобранного признака, такого как урожай в элитной зародышевой плазме.
Ожидаемое изменение среднего значения для признака следует использовать в качестве критерия для оценки того, представляет ли связь признак-признак основной QTL. Значение R 2 не следует использовать в качестве критерия, поскольку высокое значение R 2 может соответствовать слишком маленькому прогнозируемому изменению. Например, исследования в Университете Миннесоты выявили маркер с R 2 = 27% для концентрации масла в кукурузе (Garcia 2008 ). Прогнозируется, что положительный аллель QTL увеличит концентрацию костного масла с 3,5 до 5,5%. Потому что коммерчески доступны гибриды кукурузы с высоким содержанием масла до 8,0% (Lambert et al. 1998), эффект QTL считается слишком малым для того, чтобы его можно было рассматривать в качестве основного QTL в селекции кукурузы (Бернардо 2020 ).
Новое: нет необходимости в эталонной популяции в равновесии Харди – Вайнберга
Как упоминалось ранее, предположение Фишера о случайной популяции обычно нарушается при селекции растений. Пришло время открыто признать этот факт, а не притворяться, оценивая такие параметры, как V A и h 2 в неслучайной популяции или группа разнообразия, что предположение о случайной популяции встречается. Предположение Фишера о случайном спаривании было необходимостью в 1918 году. Напротив, сегодняшняя доступность маркеров SNP позволяет селекционерам отслеживать передачу хромосомных сегментов, и поэтому случайное спаривание не нужно предполагать. Кроме того, поскольку заводчики в основном заинтересованы в выявлении кандидатов с более высокими генотипическими значениями, нет необходимости иметь контрольную популяцию, к которой будут применяться выводы - независимо от того, существует ли такая контрольная популяция в Харди-Вайнберге.
Для иллюстрации предположим, что рекомбинантные инбреды развиваются путем самоопыления из (Родитель 1 × Родитель 2) F 2 и из ((Родитель 1 × Родитель 2) × Родитель 1) BC 1 . Хотя можно предположить, что популяция F 2 ведет себя как популяции случайного спаривания, поскольку ожидаемое соотношение генотипов 1: 2: 1 в сегрегирующих локусах такое же, как при случайном спаривании, такое же предположение нельзя сделать для популяции BC 1. потому что ожидаемое соотношение генотипов составляет 1: 1 в сегрегирующих локусах, при этом один из гомозигот не восстанавливается. На данный момент заводчик просто заинтересован в выявлении лучших рекомбинантных инбредов, независимо от того, был ли инбред получен из F 2 или ВС 1., Заводчика нет необходимости , чтобы сделать выводы относительно средней или V A или ч 2 в F 2 или до н.э. 1 , и поэтому спорно , что одна популяция находится в Харди-Вайнберга , а другой нет.
Продолжение следует...