Во времена бомбёжек 1941 года метро стало убежищем для жителей города, порой до полумиллиона человек скрывались на станциях и в тоннелях. Как только начиналась воздушная тревога, движение поездов останавливалось. Кроме проживания людей, станции оборудовались и под другие нужды, например на Курской расположилась библиотека:
А на станции Кировской, как на одной из самых глубоких в то время, во время войны располагался штаб противовоздушной обороны Москвы. В первые месяцы войны, во время немецких бомбёжек, сюда переместилась из кремля ставка Верховного Главнокомандования, т.е лично Сталин. Поезда проезжали станцию без остановок, а вдоль путей поставили фанерные ограждения, чтобы никто не видел, что происходит на платформе:
И всё-таки у метро были и уязвимые участки, от бомбардировок спасали только станции и линии глубокого заложения, такими были далеко не все. И в тоннель между Арбатской и Смоленской (сегодня это Филёвская линия), попала бомба, в районе Спасопесковской площадки.
Тоннель был пробит, но обошлось без жертв. За несколько дней дыру ликвидировали, однако приняли решение после войны проложить по той же трассе радиус глубокого заложения, что и было сделано в 1950-е годы. Открыли новые станции Арбатская, Смоленская и Киевская, на тех же местах, где и старые, только гораздо глубже. Радиус мелкого заложения в 1953 году закрыли, использовали в качестве склада для сломанных вагонов, и только в 1958 году, когда начали строить наземную линию в сторону Филей, закрытый отрезок мелкого заложения пригодился, и присоединился к новой Филёвской линии. Но, даже война не остановила строительство метро, целых 7 станций на двух линиях метро были открыты в 1943-44 годах. Это часть Замоскворецкой линии, со станциями Новокузнецкая, Павелецкая и Завод имени Сталина (сейчас – Автозаводская), и «синяя» линяя от Бауманской до Измайловской (нынешняя Партизанская). Тема войны проявляется в декоре почти всех этих станций. А вот с Новокузнецкой связана вызывающая дрожь история.
Всем известные мозаики на своде центрального зала станции изготавливал из последних сил в блокадном Ленинграде мозаичист Фролов (тот же, что делал панно на Маяковской), по рисункам Дейнеки, и после окончания работы, через несколько дней скончался от голода. Уже после его смерти мозаики переправили в Москву. Есть ещё легенда про скамейки, якобы они чудом уцелели при сносе храма Христа Спасителя в 1931 году, были сохранены и поставлены в ходе строительства Новокузнецкой. На самом деле таких скамеек не было ни в храме, ни вокруг него. Единственное, что может быть долей правды – сохранённые мраморные плиты, возможно, использовались в отделках некоторых станций метро. Аналогичная легенда есть про белокаменный Серпуховской кремль, которая гласит, что его разобрали для отделки станций метро в Москве.