Город был основан по разным источникам Эриком VI Победоносным, либо Олафом Шётконунгом приблизительно в 1000 г. Археологические сведения показывают, однако, что постройки существовали на месте города гораздо раньше.
В прошлом — один из важнейших городов Швеции, политический и религиозный центр в эпоху ранней христианизации, крупнейший торговый центр страны в XI—начале XII вв. В 990-х здесь впервые в Швеции были отчеканены серебряные монеты, они носили изображение короля Олафа Шётконунга.
12 августа 1187 года Сигтуна была захвачена карелами и новгородцами, архиепископ Уппсальский убит, а город опустошён настолько, что уже не оправился. Среди похищенного якобы были бронзовые церковные ворота, которые уже при жизни Эрика украшали церковь в Новгороде. Главные ворота собора (Корсунские), как показывает изучение их особенностей, могут быть поставлены в связь с Сигтунским походом. Изготовленные (в своей основной части) в 1152—1154 гг. в Магдебурге и представляющие собой своего рода скульптурный иконостас, эти врата были смонтированы после привоза в Новгород не в первоначальном виде, а с нарушением прежней композиции. Многие части при перевозке были потеряны и заменены рельефами и украшениями из другого памятника подобного рода, несколько отличавшегося по стилю. Все это говорит за то, что врата привезены в Новгород не в результате покупки (в этом случае была бы тщательно зафиксирована первоначальная композиция и были бы сохранены все детали), а как военная добыча. Археологические раскопки показывают, что Сигтуна продолжала расти и обогащаться и после разорения, по крайней мере до середины 1300 гг. Никакого слоя сажи, пепла и других следов пожара не обнаружено вовсе. Масштабы разрушения, если оно имело место, по крайней мере сильно преувеличены.
В средние века семь каменных церквей или монастырей были воздвигнуты в городе. К настоящему времени сохранились руины трёх из них: святого Пера, святого Ларса и святого Улофа. Кроме того, сохранилась доминиканская кирпичная церковь святой Марии, которая датируется серединой XIII века.