Сразу после окончания института Борис получил работу секретаря в Харьковском обкоме комсомола, но его карьера на этой должности продлилась недолго – он перевелся в аппарат Центрального комитета ВЛКСМ, чтобы поработать там во время немецкой оккупации Харькова. Однако уже в 1943-м город освободили, и Щербина получил возможность вернуться на прежнюю должность. Активный и неравнодушный парень занял себя делом и на период Великой Отечественной войны являлся организатором железнодорожных войсковых перевозок. В 1945-м, после объявления победы, Борис ушел с головой в партийную работу. Четырьмя годами позднее он получил диплом об окончании Высшей украинской партийной школы, а в начале 50-х являлся секретарем Харьковского городского комитета КП(б). ЦК ВКП(б) в 1951-м принял решение о том, что Иркутская областная партийная организация нуждается в укреплении посредством поиска новых перспективных и деятельных кадров. Таким и оказался Щербина. В 1956-м он получил должность второго секретаря Ир