Изначально это слово имеет китайское произношение. И оно произносится так, что в русском языке нет полностью соответствующих ему звуков, и звучит как нечто среднее между "Е" и "Э". Поэтому абсолютной истины, правильного единого написания здесь быть не может.
Писать через "е" иди "э" - это всего лишь условность. И в том, и в другом варианте будет правильно, и в тоже время - неправильно. Остается это принять как данность.
Пишут это слово в различных вариантах только с целью - чтобы люди, проводя поиск через Интернет (и при этом набирая на клавиатуре "фен-шуй", или "фэн-шуй") могли легче и быстрее найти нужную для себя информацию.
