Средневековая Пиза развивается в течение XIII века как область судостроения. В этот период необходимо было найти подходящее место для развития военно-морской деятельности.
В конце четырнадцатого века Якопо д'Аппиано создал крепость, построил башню S. Agnese, укрепил существующий фундамент и сделал наверху зубцы из кирпича.
С 1406 года власти внесли в цитадель значительные изменения: укрепили стены, идущие параллельно креке Арно.
Здания la torre Guelfa (или башня Цитадели) была бережно восстановлена после бомбардировок 1944 года в отличие от соседней башни. Название Старой крепости вошло в употребление только затем, чтобы отличить ее от Новой Цитадели, называемой сегодня Сад джардино-Скотто, построенной в противоположной части города, начиная с 1440 года. Старая Цитадель была вновь использована как арсенал со второй половины XV века.
В XVIII и XIX веках Цитадель использовалась в качестве хранилищ, конюшен и казарм. В настоящее время здесь находится общественный парк и Музей