Очертания берегов в Средиземноморье по геологическим меркам лишь недавно приняли современный облик. Вместо глубокого Гибралтара под конец миоцена ранее существовали более мелкие Бетийский и Рифский проливы.
Движения тектонических плит и понижение уровня Мирового океана до 120 м в эпоху оледенения приводило периодически к закрытию мелководного русла. Далее сильнейшее испарение очень быстро превращало отрезанную водную гладь в громадные солончаки. Исследование отложений доказывает существование в прошлом восьми подобных циклов.
Основное доказательство существования данных геологических процессов — открытие Мессинского яруса в Западном Средиземноморье. Он охватывает период (с небольшими допусками) примерно 7,246-5,332 млн лет назад. На эпоху его формирования и приходится Мессинский пик солености (около 6-6,08 млн лет назад), когда Средиземное море практически исчезает с лица планеты. Естественно, высыхание не происходило моментально, на испарение громадного бассейна уходили тысячелетия.
О цикличности процессов доказывают пробы с морского дна. Общая толщина прослоек соли в некоторых местах Средиземноморья, разделенных отложениями, достигает 2 км. Теоретически в самый жесткий период высыхания вместо единого морского бассейна существовало до 2-3 больших озер, спасенных от полного исчезновения впадающими крупными реками. Площадь солончаков в это время занимала до 80% от первозданной площади древнего моря.
Оставшиеся от пересыхания озера питались когда-то африканскими и азиатскими реками, которые на данное время текут в другую сторону. Согласно предварительным оценкам древняя речная система на востоке региона по размеру могла соперничать с Нилом. Уже доказано, что обнаруженное недавно высохшее русло Евфрата было ранее направлено в сторону Средиземноморья. Несколько позже описываемых событий перемещение тектонических плит развернуло речные воды в Персидский залив.
Если на превращение морского дна в пустыню уходили тысячи лет, то обратный процесс был стремительным. Скорее всего, закончился период пересыхания Средиземного моря сильнейшим потопом. Согласно расчетам через образовавшуюся горловину Гибралтарского пролива опустошенный засухой бассейн заполнился океанскими водами всего за несколько месяцев со скоростью нарастания уровня моря до 10 м в сутки.